突变率惊人！新冠患者病毒存在快速进化风险
国际学术期刊《临床传染病》（Clinical Infectious Diseases）日前刊发来自中国研究团队的一篇名为《新冠病毒在患者体内的基因多样性（Genomic diversity of SARS-CoV-2 in Coronavirus Disease 2019 patients）》论文，研究结果显示，一些新冠病毒感染者体内发现了病毒多样性水平升高，这表明新冠病毒存在快速进化的风险。
不过还没有发现新冠病毒在宿主内变异（intra-host variants）传播的证据，但也不应忽视这种风险。
该论文通讯作者为中国科学院北京基因组研究所研究员、博士生导师李明锟，研究团队成员来自多个单位，包括中国科学院北京基因组研究所；中国科学院大学；国家卫健委重点实验室，中国医学科学院病原生物学研究所；北京大学生物医学前沿创新中心；北京大学人民医院呼吸与危重症医学科；广东省新发传染病诊治重点实验室，新发传染国家重点实验室；福建人民医院；西安交通大学第一附属医院；中国科学院动物进化与遗传前沿交叉卓越创新中心等。
研究团队对8例新冠肺炎患者，25例社区获得性肺炎患者和20例健康对照者的支气管肺泡灌洗液进行了转录组测序。并在一些新冠病毒感染者体内发现了病毒多样性水平升高，这表明病毒存在快速进化的风险。
研究者对8名患有新冠病毒感染者的支气管肺泡灌洗液样本进行了转录组测序。通过对2019年12月24日至2020年2月9日之间收集到的110个新冠病毒基因序列研究发现，发生在宿主内的变异数量在0到51之间，中位数为4，表明新冠病毒的进化速率很高。
研究团队总共鉴定出了84个宿主内变异，其最小等位基因频率（MAF，通常是指在给定人群中的不常见的等位基因发生频率）大于5％，而25个变异的MAF大于20％。
值得注意的是，新冠病毒在不同的病人中产生的宿主内变异数量显示出；较大的差异（MAF≥5％的变异为0到51，中位数为4； MAF≥20％的变异为0到19，中位数为1），研究人员认为，这不能用患者被感染的批次、病毒覆盖范围差异或污染来解释。并且研究者发现，新冠病毒发生变异的数量与患者发病天数或其年龄无关。
其中，6号病人体内产生了极高水平的病毒变异，共出现了51个变体，但研究者并未能找到这种现象发生的原因。
研究人员认为，由于RNA病毒具有很高的突变率。因此RNA病毒容易产生对药物的抗性并逃避免疫监视。但新冠病毒的突变率仍不清楚。不过这项研究得出新冠病毒的突变率应与SARS病毒处于相同的数量级。而新冠病毒宿主内频率≥5％的变异体中位数为4，该发生率与埃博拉病毒病研究中报道的发生率无明显差异，这表明新冠病毒的突变率也与埃博拉病毒相当。
此前北京大学生命科学学院生物信息中心与中国科学院上海巴斯德研究所科研人员的研究表明，新冠病毒已于近期产生了149个突变点，并演化出了两个亚型，分别是L亚型和S亚型。其中S型是相对更古老的版本，而L亚型更具侵略性传染力更强。
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