简称S型位置效应，表型改变是稳定的。

　　果蝇的复眼由许多小眼组成。野生型的正常复眼呈椭圆形；棒眼突变型由于小眼数的显著减少而呈不同程度的狭棒形。棒眼基因B为显性，位于X染色体上。纯合的棒眼果蝇的后代中常出现少数野生型个体；同时出现少数复眼比棒眼更狭细的超棒眼个体。这两种个体出现的频率都约占1/1600，远远超过一般的突变频率。

　　斯特蒂文特在1925年曾用棒眼果蝇进行一系列不同组合的杂交，计数了后代各种棒眼的小眼数，同时注意分析与棒眼座位紧密连锁的基因的行为，发现野生型和超棒眼的个体的出现总是伴随着棒眼座位相邻基因的交换。针对这一情况，他提出不对等交换假说。这一假说在1936年为美国遗传学家H.J.马勒和C.B.布里奇斯所证实。他们发现在正常果蝇唾腺细胞的 X染色体上只有一个编号为16A的区段，而棒眼果蝇的X染色体上有连接着的两个16A区段，超棒眼果蝇中则有三个重复的16A区段（图1）。这说明棒眼果蝇来源于16A区段的重复，由棒眼果蝇产生的野生型和超棒眼个体是由于少数雌性棒眼果蝇的一对 X染色体在减数分裂过程中染色体发生了不对等交换，于是极少数配子中获得一个只有一个16A区段的X染色体，而同数的另一些配子中却获得一个有三个16A区段的X染色体。

　　比较各种基因型的果蝇的每一复眼的小眼数，还发现棒眼纯合体B/B的复眼的小眼数是68，而正常/超棒眼杂合体+/BB的复眼的小眼数是45。两者的 16A区段数相同，只是由于它们所在染色体的位置不同而使小眼数不同，因此称之为位置效应。