高效构建60-120 bp 短片段 cfDNA 文库的方法
简介：从血浆中分离的cfDNA（游离DNA）能够在创新式的非入侵条件下提供极具价值的基因组信息。cfDNA片段的大小主要集中于170bp，即缠绕一个核小体的DNA片段。越来越多的研究认为更短的cfDNA片段（40-170bp）保留着关于胎儿、肿瘤相关拷贝数变异和细胞起源的基因组信息（Jiang et al.,PNAS,2015; Snyder et al., Cell, 2016）。高通量测序技术（NGS）是一项非常灵敏和准确的技术，通过该项技术，我们可以对液态活检（LiquidBiopsy）中分离的cfDNA进行测序和分析，目前在科研和精准医疗领域已经有多项相关应用。
在cfDNA文库构建前，我们使用Pippin Prep全自动DNA片段回收仪（美国Sage Science公司）将人血浆cfDNA分选(size-selection)为小于160bp和大于160bp的两部分，并用小于1ng的筛选后片段构建文库（建库试剂盒选用美国Rubicon Genomics’ ThruPLEX Plasma-Seq）。作为对照，我们同时也用未分选片段大小的血浆cfDNA构建ThruPLEX Plasma-Seq文库。
结论：
根据我们的实验结果可以得出，使用Pippin Prep仪器分选小于170bp的cfDNA片段，能顺利构建插入片段集中于60-120bp的高度多样化cfDNA文库（108个单独分子），这些在70-110bp的片段相互间隔约10bp。值得注意的是，通过对照实验发现，建库前分选才可以显著富集小cfDNA片段，建库后分选并不能显著富集小cfDNA片段。
得益于Pippin Prep 精准片段分选技术和ThruPLEX Plasma-Seq 低于纳克级文库构建技术的结合，我们可以富集<160bp的cfDNA片段并建库。虽然小片段cfDNA的含量低于常规方法的检测极限，但我们的方法有效的改善了小片段cfDNA的获取。
