DHA在体内的消化吸收与其他脂肪酸相比，差异很大。以甘油三酯形式存在的DHA为例，在小肠中，甘油三酯被肝脏分泌的胆盐乳化后，在胰脂肪酶和肠脂肪酶的作用下，分解成甘油二酯、甘油一酯、脂肪酸和极少量甘油。这些水解产物与胆固醇、溶血磷脂和胆盐共同形成一种水溶性的混合微粒，穿过小肠绒毛表面的水屏障到达微绒毛膜以被动扩散的方式被吸收（胆盐除外）。

　　脂质在鱼体内的吸收和哺乳动物体内的吸收相似。摄食的脂肪在内腔水解后，单甘油酯和游离脂肪酸以微团的形式通过扩散作用在肠道的上皮细胞被吸收。在粘膜细胞内重新组装成甘油三酯，形成乳糜微粒，通过淋巴系统进入血液循环。而长联脂肪酸（LFA）则只在胆盐乳化作用下就可被吸收，吸收后的LFA仍需合成甘油三酯再通过淋巴进入血液循环。在人体，主要通过淋巴途径和静脉途径吸收DHA，有人提出了第三途径即十二指肠途径。

　　一般来说，短链脂肪酸比长链脂肪酸易于被吸收，不饱和脂肪酸比饱和者更易被吸收。鱼类对不饱和脂肪酸和短链脂肪酸的消化吸收率高达95%，对饱和脂肪酸和长链脂肪酸的吸收约为85%。