焦磷酸测序复性和准确性可与Sanger测序法媲美
在Sanger测序问世后约20年的时间里，几乎所有的核苷酸序列都是由其测出来的。但是其通量已经达到了极限，每个反应步骤需花费很长时间，难以实现基因组水平的大规模测序。另外，在实际工作中，需要对已知序列的DNA片段进行重新测序，而这种分析往往需要检测几十个碱基即可。在这种情况下，花费数十小时获取几百个碱基的数据就没有太大的意义了。
焦磷酸测序是一种由DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、荧光激素酶和三磷酸腺苷双磷酸酶催化的新型酶级联化学发光测序技术，通过对DNA合同反应中稀释的生物光信号完成实时检测，开创了边合成边测序的先河。引物和单链模板DNA退火后，在DNA聚合酶的作用下催化dNTP的聚合反应。若dNTP与模板配对，DNA聚合酶将其掺入到引物延申链中，并释放等摩尔数的焦磷酸（PPi）。在三磷酸腺苷硫酸化酶催化的作用下，无机焦磷酸转变为ATP。在ATP存在的情况下荧光素酶催化荧光素氧化产生光信号，并被高灵敏度的CCD实时检测。ATP和未掺入的dNTP由三磷酸腺苷双磷酸酶降解，淬灭光信号，并再生反应体系。dNTP的聚合反应与光信号的释放偶联起来，一一对应，最终通过对荧光信号及其峰值的读取实现待测DNA模板准确、快速、实时测序。焦磷酸测序技术无需任何特殊形式的荧光标记，无需电泳，操作极为简便，测序速度也得到了很大的提升。其测序的重复性和准确性可与Sanger测序法媲美，而速度快100倍，尤其适用于已知DNA短序列（20-50bp）进行快速测序。
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