但这些贡献巨大的重点实验室正面临着一些尴尬―――“最主要的限制瓶颈就是缺乏每年固定的经费投入”。《建议》的执笔者、华南师范大学生命科学学院教授彭长连介绍，实验室设备的日常运行需要大笔经费，最低每年都要30万元以上。
而对于重点实验室，广东的做法是建立时一次性拨给购买仪器设备的购买费，但之后就没了稳定的政府经费支持，只能靠各实验室自谋出路。另外，有的省重点实验室获批为国家重点实验室后，广东省里也仅仅是表态支持，而无予以配套资金。
比较而言，国家和部分省份的重点实验室每年都有稳定的财政支持。例如，华工某国家重点实验室2010年的运转费为1000万元，中科院某重点实验室2010年的运行经费为240万元，即使是湖南省某重点实验室也有每年40万元的运转经费。“湖南、甘肃这些经济总量远不如广东的省份，省重点实验室都有日常运转经费，而经济发达的广东省拨款却是零。”彭长连批评说。