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快速可靠的甲基化分析，无需亚硫酸氢盐转化

2012.7.22

　　在甲基化分析中，亚硫酸氢盐转化通常是必经之路。它将未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，之后再结合PCR、测序等技术分析甲基化状态。听上去似乎很简单，但要想获得漂亮的结果，却并非那么容易。转化效率如何?回收率如何?这都是需要考量和优化的因素。

　　最近，QIAGEN推出了一款新产品EpiTect Methyl II PCR Array System，无需亚硫酸氢盐转化，即可快速准确地检测单个基因或一组基因的DNA甲基化状态。

　　EpiTect Methyl II PCR Array System采用创新的MethylScreen技术，实现了单个基因以及疾病和通路聚焦的一组基因中CpG岛DNA甲基化的快速准确检测。此技术无需亚硫酸氢盐转化。通过一步简单的限制性内切酶消化以及实时定量PCR，22个或94个不同基因的DNA甲基化水平可利用DNA Methylation PCR Array同时分析。

　　MethylScreen技术是由Orion Genomics公司在2007年开发的。1这种方法是基于甲基化敏感(MSRE)和/或甲基化依赖(MDRE)的限制性内切酶切割后的DNA检测。这两种酶分别消化未甲基化和甲基化的DNA。消化之后，通过实时定量PCR定量每个酶切反应中剩余的DNA。利用ΔCt法将每个消化产物与mock(未添加酶)对照比较，从而确定甲基化和未甲基化DNA的相对量。操作过程的简单让此技术高度适合DNA甲基化图谱分析以及多个领域的生物标志物发现，如干细胞分化和发育。　　

　　(图片来自BioTechniques)

　　EpiTect Methyl II PCR Array的操作流程如下图。首先将起始的基因组DNA分成四等分，分别用于mock(Mo)、甲基化敏感(Ms)、甲基化依赖(Md)和双酶切(Msd)消化。消化之后，酶反应液与qPCR预混液直接混合，上样到带有引物的PCR Array板中。在指定的循环条件下运行实时定量PCR。最后，将原始的Ct值复制粘贴到excel表中，它会自动计算甲基化和未甲基化DNA的相对量。

　　QIAGEN目前提供EpiTect Methyl II Signature PCR Array(22个基因)和EpiTect Methyl II Complete PCR Array(94个基因)，适用于人类、小鼠或大鼠研究，有96孔或384孔形式可选。目前有多种疾病和通路聚焦的PCR Array可供选择，涉及癌症、凋亡、细胞周期、DNA修复等，详询QIAGEN。

　　EpiTect Methyl II PCR System提供了：

　　• 对照限制性消化及qPCR检测的联合可靠性

　　• 全基因组、即用型、预设计的引物分析

　　• 单次qPCR运行中多个目标的同时分析

　　• 网页式且自动化的免费数据分析工具

　　• 监控限制性内切酶酶活的对照

甲基化胞嘧啶

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