RNA的甲醛变性电泳实验
RNA的甲醛变性电泳可以用于:(1)提取样品的总RNA后,一般根据RNA的凝胶电泳图来判断RNA的质量;(2)由于RNA容易形成二级结构,因此常用甲醛变性胶来进行RNA电泳,得到的电泳图能真实反映RNA的质量状况。
实验方法原理 | 用溴化乙锭等荧光染料示踪的核酸电泳结果可用于判定核酸的纯度。由于DNA分子较RNA分子大许多,电泳迁移率低;而RNA中以rRNA最多,占到80%~85%,tRNA及核内小分子RNA占15%~20%,mRNA占1%~5%。故总RNA电泳后可呈现特征性的三条带。在原核生物为明显可见的23S、16S的rRNA条带及由5S的rRNA及由5S、5.8S的rRNA和tRNA构成的条带。mRNA因量少且分子大小不一,一般是看不见的。故可通过分析以溴化乙锭为示踪染料的核酸凝胶电泳结果。
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实验材料 | |
试剂、试剂盒 | |
仪器、耗材 | |
实验步骤 | 一、材料、试剂和仪器 1. 材料:植物总RNA 5-10 ug 2. 试剂 (1)加样运载缓冲液(Loading buffer) 50% 甘油 1 mmol/L EDTA (pH8.0) 0.25%溴酚蓝 25%二甲苯氰FF (2)10xTAE Buffer (3)5x甲醛凝胶电泳缓冲液: 0.1 mol/L MOPs (pH7.0) 40 mmol/L乙酸钠 5 mmol/L DETA(pH8.0) (4)甲醛,甲酰胺 3. 仪器:电泳装置,紫外透射观测仪 二、实验程序 1. 甲醛变性的琼脂糖(Agarose) 凝胶的配制 在250 mL的锥形瓶中准确称量2 g Agarose (Sigama),再加20 mL 10xTAE Buffer,144 mLDEPC处理过的双蒸水,微波炉中化胶,待冷却至50-60℃加EB至终浓度≤0.5 ug/mL。在通风橱中加入36 mL甲醛,放置一段时间以减少甲醛蒸汽。 2. RNA的甲醛变性电泳 (1) 样品制备 RNA总量:10 ug 5×甲醛凝胶电泳缓冲液:4 ul 甲醛: 3.5 ul 甲酰胺:10 ul 加入无菌离心管中混合,95℃水浴变性2 min(或55℃,15 min),取出后放入冰中冷却。 (2) 加入2 ul无菌的DEPC处理的加样运载液。(使用加样运载液的目的有三: 增大样品密度,以确保DNA均匀进入样品孔内;使样品呈现颜色,便于加样操作;能明确显现样品在电泳胶上的泳动位置。以 0.5 X TBE作电泳液时,溴苯酚在琼脂糖中的泳动速率与长 300 bp 的双链线状DNA相同,而二甲苯氰FF 的泳动速率与长4 kb 的双链线状DNA相同。) (3)将胶板浸没在1x甲醛凝胶电泳缓冲液中,点样前5 V/cm预跑5 min。点样后3-4 V/cm电泳。 (4)电泳结束后(溴苯酚蓝迁移到约8 cm处),紫外灯下观察, 照相。 收起 |
注意事项 | 每一泳道至多可分析30mg RNA,通常用10-20mg总RNA进行Northern杂交,可以检测高丰度mRNA(占mRNA总量的0.1%以上);如待测RNA含量极微,每个泳道加0.5-3.0mg poly(A) RNA。 |
其他 | 每一泳道至多可分析30mg RNA,通常用10-20mg总RNA进行Northern杂交,可以检测高丰度mRNA(占mRNA总量的0.1%以上);如待测RNA含量极微,每个泳道加0.5-3.0mg poly(A) RNA。 |