在选择固相萃取柱时，须考虑柱容量
固相萃取填料从预处理到样品加入时都保持湿润，允许大约1毫升的预处理溶剂在管过滤片(frit)或萃取片表面之上。如果样品是从一个贮液管或过滤管引入固相萃取管，则多加入0。5毫升zui后的预处理溶剂到1毫升的固相萃取管中，如果是2毫升到3毫升的萃取柱中，多加入4升到6毫升管中等等。这是为了保证在样品加入之前萃取柱湿润。如果在样品加入之前，萃取柱中的填料干了，重复预处理过程。在重新引入有机溶剂之前，用水冲洗柱中缓冲溶液的盐。甲醇湿润吸附剂表面和渗透键合烷基相，固相萃取柱以允许水更有效地湿润硅胶表面。有时前预处理溶剂使用在甲醇之前。这些溶剂通常是与洗脱溶剂一样，是用之消除固相萃取管上的杂质及其对分析物的干扰，也可能该杂质只溶于强洗脱溶剂。
常见的固相萃取柱大都以聚乙烯为材料的注射针筒型装置，该装置内装有两片以聚丙烯或玻璃纤维为材料的塞片，两个塞片中间装填有一定量的色谱吸附剂(填料)。固相萃取柱上端敞开，下端为出液口，液体经过吸附剂后从出口排出。也有根据具体应用要求而生产的特殊规格的固相萃取柱。从固相萃取柱的外观看，经典的固相萃取柱与注射针筒相近，是直筒型的。另外一种固相萃取柱上端是漏斗形，便于在手动操作时一次性载入较多的样品。在选择固相萃取柱时，必须考虑柱容量。由于我们面对的样品基质通常都较为复杂，例如食品、生物样品等等。在固相萃取中，固相萃取吸附剂对目标化合物吸附的同时，也会吸附同类性质的杂质。
样品溶剂的强度相对该吸附剂应该是较弱的，弱溶剂会增强目标化合物在吸附剂上的保留(吸附)。固相萃取柱溶剂强度在正﹑反固相萃取中的顺序是不同的。如果样品溶剂的强度太强，目标化合物将得不到保留(吸附)或保留很弱。例如：样品溶剂是正己烷时用反相固相萃取就不合适了，因为正己烷对反相固相萃取是强溶剂，目标化合物将不会吸附在吸附剂上;当样品溶剂是水时就可以用反相固相萃取，因为水对反相固相萃取是弱溶剂，不会影响目标化合物在吸附剂上的吸附。反相固相萃取所用的吸附剂通常是非极性的或极性较弱的，所萃取的目标化合物通常是中等极性到非极性化合物。目标化合物与吸附剂间的作用是疏水性相互作用，主要是非极性-非极性相互作用，是范德华力或色散力。
