打开循环水浴，设置冷却温度，一般为 10℃。
将制好的固相 pH 梯度凝胶铺在冷却板上，注意正负极。其间涂以液体石蜡或煤油，避免气泡陷入，以保证胶板和冷却板之间的良好接触。
用合适的电极溶液（参见表 7.7) 润湿滤纸电极条，分别放置凝胶的酸、碱侧。有的仪器采用粗电极与凝胶直接接触，不需加电极条。
按冷却板上的格子和预先设计的实验计划将样品加在凝胶上。微量样品可直接滴加，稀样品加在滤纸块上或小槽中。固相 pH 梯度等电聚焦与载体两性电解质等电聚焦的样品处理方法相似，只是前者 pH 梯度已在凝胶中固定，所以样品中的盐对梯度影响不大，但过高的盐浓度也会造成凝胶电导的降低而烧胶或使谱带畸变。
将白金电极丝分别放在滤纸电极条的中心，再将阳极和阴极分别与电源的正、负极相连。接通电源，电参数参见表 7.8。
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