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甲基化检测方法(亚硫酸氢盐修饰后测序法)-2

2020.9.08

此步细节:
1:在使用注射器时,一定要用力均匀且轻,如使用暴力,会将小柱内的薄膜挤破,失去作用。
2:乙酸铵、糖原不需新鲜配制,糖原配好后放在-20度保存,乙酸铵室温即可,因为这样浓度的乙酸铵非常难溶,一旦放在4度,取出用时也会有很多溶质析出。
3:异丙醇、70%乙醇都不需要新鲜配制,但如果用量大,现场配也很方便。
此步关键是在树脂与DNA的结合上,这就再次强调第二部分调亚硫酸钠PH值得重要性。因为树脂与DNA结合需要有一个适当的PH,如前一步没做好,此步树脂不能与DNA很好结合,将会带来灾难性后果,即DNA随着液体被挤出了,洗脱时实际已没有任何DNA了。

第四部分 修饰后DNA用于PCR
这一步也没有悬念。我主要谈一下这里面的几个比较棘手的问题:
1:引物问题:我感觉自己设计引物有相当的难度,我曾设计过几对引物,并且试验了一下,但以失败告终。如果时间充裕、作的又是比较新的基因文献不多,自己设计引物没有问题。如果不是这样,还是参考文献更好些。首先查阅SCI分值高的文献,然后是著名实验室的文献,如果国内有做的,更好了,可以直接联系咨询。查到序列后,一定要和Genbank中的序列进行比对,防止有印刷错误造成的个别碱基的差别。然后再到google上搜一下,看用的人多否,体系条件是否一样。用的人多、体系条件一样,表明可重复性比较强。我也是按此行事,算比较顺利。
2:Taq酶问题:有文献用高保真的金牌 Taq(Platinum),但我感觉只要体系正确、变性退火等条件合适,一般的热启动酶是可以的。我开始使用的是Takara的LA Taq,很好用,配有10x含mg++的LA缓冲液。有时候用没了,暂时以Takara 的普通Taq酶也可以。如何选择,可以根据自己的情况。初作者还是用好一点的酶。
3:PCR的条件:变性一般都选择95度,3min。其余我感觉还是根据文献,退火可以根据你的引物的退火温度在小范围内尝试。一般和文献报道差别不大。只是扩增片断特异性的问题。建议根据文献。
4:做PCR的EP管最好选择进口的,壁薄且厚度均匀,这可以保证温度的迅速变化可以及时传递给管内的反应液,使体系真正在所设定的温度下运行。
5:PCR仪:如果在某一个仪器上作出来了,最好一直用此仪器继续。不同的仪器“脾气”也不一样,但EP管必要和仪器内的插孔紧密结合方好,留有空隙,我认为会影响温度的传递。
这一部分有些啰嗦,只是个人一些不成熟经验。有疑问处,请大家指出,交流。今天先到这里,现写一些内容,比较费劲,总是不能一挥而就。望见谅。歇息一会准备写最后蓝白斑筛选克隆这一部分。

第五部分 PCR产物的凝胶回收
这一步比较简单,可以购买一个凝胶PCR产物回收试剂盒,国产的就很好、价格也合理,比如TIANGEN的产品(用过)。把切下来的胶按说明书操作即可。
几个细节:
1:PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳,要使用新配的电泳液。凝胶浓度1%-2%均可。
2:凝胶DNA回收时在300nm紫外灯下观察条带位置,切取目的片断所在位置的凝胶,尽量小,保证特异性。
3:紫外照射时间不能过长,否则对DNA有损伤。
4:回收后的DNA如不马上用就储存于-20度,在数月内是很稳定的。
第六部分 PCR产物与T载体的连接和转化、蓝白斑筛选
1:连接T载体(本实验使用的是Promega的试剂盒)
15ul体系
T-easy 1ul
Ligase 1ul
2xbuffer 7.5ul
DNA 5.5ul
4度,过夜。
2:连接产物的转化
1)-70度冰箱内取出感受态细菌,融化后置于冰上;
2)连接产物15ul 全部加入,至于冰上30分钟;
3)42度, 90秒钟;
4)冰上2分钟;
5)800ul LB培养基;
6)280rpm,37度,摇床45分钟(将管放水平了摇,保证菌液摇匀);
7)8000rpm,1分钟;在超净台内去上清,留100-150ul;
8)涂板:37度孵箱过夜;(板为含有氨苄青霉素的固体LB培养基)
先涂:X-gar 35ul
IPTG 25ul
后涂:混悬液
过夜后可见板上长出很多蓝色或白色斑点,取白色斑点,尤其是蓝色斑点周围的白色斑点,此处自联率较低。
3:取白斑,划种于新板上
新板:先涂:X-gar 35ul
IPTG 25ul
然后于板底划出分区,进行标记。根据需要,一般一板作50个克隆没有问题。
针头挑白斑划2道于板上相应区域内。
37度,孵箱过夜。
4:联系测序公司送测序。一般一个克隆在35-45元。
这一部分的细节:
1:涂板要均匀,保证Xgar和IPTG均匀分布在板面上;
2:不要让蓝白斑长得太满,否则选取克隆时容易一下挑2个。


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