毛细管电泳的基本结构
一般在一根长 40 ~ 100 cm, 内径 10 ~ 100 mm 的毛细管柱中充入缓冲溶液，柱的两端置于两个缓冲池中。在两个缓冲池之间的毛细管接有两个铂电极。试样从一端进入，而检测器则在另一端。使用的高电压可以反相，以能分析阴离子。
进样系统
毛细管分离通道十分细小，整个柱体积一般只有4~5μL，所需的样品区带只有几纳升。
毛细管电泳的进样方式一般是将毛细管的一端从缓冲液移出，放入试样瓶中，使毛细管直接与样品接触，然后由重力、电场力或其他动力来驱动样品流入管中。进样量可以通过控制驱动力的大小或时间长短来控制。CE进样技术均适用于CEC。
一般的进样方式是电动进样和压力进样。
电动进样是将毛细管柱的一端及其相应端的电极从缓冲池中移出，放入试样杯中，然后在一准确时间范围内施加压力，使试样因离子移动和电渗流进入毛细管柱。
压力进样是用压差使试样溶液进入毛细管。产生压差的办法可以采用在检测器端抽真空，或者通过提高试样端液面。
电源及其回路
电流回路系统包括高压电源、电极、电极槽、导线和电解质缓冲溶液等。CE和CEC一般采用0 ~ ±30 kV连续可调的直流高压电源。理想的电源应具备：
1.能输出单极直流高压(一端接地)；
2.电压、电流、功率输出模式任意可选；
3.能控制电压、电流或电功率的梯度；
4.电压输出精度应高于1%。
CE的电极通常由直径0.5~1 mm的铂丝制成。
电极槽，即缓冲液瓶，通常是带螺口的小玻璃瓶或塑料瓶(1~5 mL不等)，要便于密封。缓冲液内含电解质，充于电极槽和毛细管中，通过电极、导线与电源连通，一同构成整个电流回路。
温度控制
熔融石英毛细管在CE中应用最广泛，熔融石英拉制得到的毛细管很脆，易折断，一般在外表面涂有聚酰亚胺保护层，使之变得富有弹性，不易折断。
内径越小，表面积/体积比越大，散热效果越好。内径小，样品负载小，检测、进样、清洗等操作困难。
一般使用的毛细管柱内径在25 ~100 μm之间，最常用的是50 μm和75 μm两种。
检测窗口部位的外涂层剥离。
焦耳热效应产生径向温度梯度，还会导致分离重现性差。商品仪器大多有温度控制系统，主要采用风冷和液冷两种方式。
一般采用物理吸附或化学键合两种方式形成毛细管内壁涂层，对石英毛细管进行改性或修饰，可有效控制电渗流、抑制吸附进而优化分离。
检测系统
常用检测器
紫外：适合于有紫外吸收化合物
荧光：灵敏度高，通常需要衍生化
激光诱导荧光：灵敏度非常高，通常需要衍生化
质谱：通用性好，能提供结构信息
安培：灵敏度高，只适合于电活性物质
电导：通用性好
