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2013值得关注的技术:NOMe-Seq

2013.12.09

  DNA甲基化和核小体的分布组装共同调控着基因表达的表观遗传因素,解析这两个关键的过程对于了解遗传机制,以及疾病致病机理具有重要意义。

  精确追踪这两个过程的传统方法主要依赖于对基因组中DNA甲基化,核小体占位(nucleosome occupancy),以及核小体定位过程的分步成像。但是这些技术过程都十分的费时费力。

  由Active Motif公司开发的一种新技术:NOMe-Seq (Nucleosome Occupancy and Methylome Sequencing)能令科学家们“在同一个DNA分子中观察到DNA甲基化和核小体定位”,这将有助于表观遗传学研究。

  在NOMe-Seq分析过程中,首先需要人工甲基化固定染色体的GpC残基(未经核小体包装),然后将交联倒转,释放核小体和任何结合的蛋白,如转录因子,并且令这个DNA进行亚硫酸盐转化,将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶。此时再进行DNA测序,解析DNA甲基化图谱,以及核小体占位足迹,也就是 DNA被GpC甲基化保护的位置。

  这一试剂盒于去年11月推出,价格为650美元(美国当地价格),其中包括10个样品反应的试剂。

  来自澳大利亚Garvan生物医学研究所癌症分部的执行主任Sue Clark表示,NOMe-Seq“是一项从一开始就十分具有吸引力的技术,因为这一技术能令我们在基因组范围内直接确定核小体位置,以及DNA甲基化状态”,“以前只能通过DNA甲基化和核小体定位之间的关联来推断它们之间的关系。”她说。 另外来自Garvan研究所表观遗传学项目组组长Phillippa Taberlay也补充说,NOMe-Seq“可以适用于几乎任何类型的表观遗传问题。 ”

  Active Motif公司致力于细胞生物学和分子生物学研究试剂的开发与生产,是世界上最大的转录因子研究试剂生产商。为全球从事基因功能研究、基因表达调控及其编码蛋白研究的科研人员,提供高质量的产品和优质的服务。

  表观遗传研究最新进展

  来自华盛顿大学医学院的研究人员通过报道从胚胎干细胞到最终分化细胞这一细胞进程中,DNaseI 超敏感位点的作用模型,解析了DNA表观遗传对于发育命运和细胞成熟调控的作用。这将揭示细胞表观调控机制,以及癌症细胞的发育机制。

  近年来的研究指出,几代发育细胞之间的细胞状态信息,可能可以通过调控区域被传递下来。在这篇文章中,研究人员报道了从胚胎干细胞到最终分化细胞这一细胞进程中,DNaseI 超敏感位点(DNase I hypersensitive site,DHS)获得和失去的一致模型,这将有助于解析细胞表观遗传作用,并揭示调控DNA中的变化对细胞命运的影响。

  这一DHS模式传递了关于细胞命运的丰富信息,其中的关联与基因表达传递的信息并不相同。研究人员发现发育细胞具有与胚胎干细胞一部分相同的DHS分布,这一比例在不同的细胞类型中,随着分化过程不断下降,这表明发育成熟存在一种定量的基准。

  而且研究人员也指出,发育稳定DHSs能不断编码转录因子结合位点,参与自动调控反馈环路。而与正常细胞不同,癌细胞则会广泛激活沉默了的胚胎干细胞DHSs,促进恶性肿瘤产生。

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