三者都是点源逐点扫描成像，通过控制扫描驱动范围，调节放大倍数，主要区别
1、极限分辨率不同,
缘于放大信号源的差异
激光共聚焦：极限分辨率
150nm.
扫描电镜：20nm~0.8nm.
原子力显微镜：极限分辨率0.1nm
2、扫描驱动方式不同
激光共聚焦：激光转镜控制激光扫描范围和扫描速度。
扫描电镜：电磁线圈控制电子束扫描范围和扫描速度，
原子力显微镜：压电位移传感器驱动样品台x,y
方向扫描，
3、立体成像的差别
激光共聚焦：通过纳米精度步进电机驱动样品在z轴方向逐层成像，软件将设定的各层图像合成清晰立体图像。
扫描电镜：
单帧图像具有很大景深，但属于二维图像，通过立体对技术可实现三维成像。
原子力显微镜：成像的本质就是测量表面每个像素点的高低，描绘出立体形貌。
4、工作环境差别
激光共聚焦和原子力显微镜可以在大气环境中进行测试样品
一般扫描电镜必须在高真空环境下进行测试样品
5、应用范围差别
激光共聚焦：几倍
~
几千倍，样品制备简单
扫描电镜
：几倍~几十万倍，样品制备稍微复杂一些，但总体也很简单。
原子力显微镜：几万倍~几千万倍，
要求样品非常平坦，样品制备很难。
6、价格