生物净化，也就是生物类群通过代谢作用（异化作用和同化作用）使环境中的污染物的数量减少，浓度下降，毒性减轻，直至消失的过程。根据生态学的观点，生物圈可以分为陆地生态系统、淡水生态系统和海洋生态系统。它们之间在物质循环和能量流动方面有紧密的内在联系。水体、空气和土壤的污染，只要不超过生态系统的负载能力，污染物就可以通过物理的、化学的和生物学的作用得到净化，其中生物学的作用占有十分重要的地位。如果环境污染物超过了生态系统的负载能力，生物净化作用就会遭到破坏，整个生态系统就有可能失去平衡，产生不良的后果。随着人类社会的进步和生产力的发展，生物净化的功能在更大的规模上得到利用。并逐步发展成为环境生物工程的重要组成部分。

　　生物净化是生物的吸收、降解和转化作用使环境污染物的浓度和毒性降低或消失的过程。植物能吸收土壤中的酚、氰并在体内转化为酚糖昔和氰糖普，球衣菌可把酚、氰分解为二氧化碳和水。土壤微生物叮降解各种农药，把有毒物质变为无毒物质。绿色植物吸收二氧化碳、吸附漂尘，释放氧气净化空气。凤眼莲可吸收水中的汞、福、砷等，其根系微生物可转化降解污水中有机物，使污水得到净化。有机污染物主要依靠微生物的降解作用，氧气允足的条件下，需氧微生物能把污水中的有机物分解成二氧化碳、水、氨氮和磷等；在缺氧条件下，厌氧微生物能把有机物分解成甲烷、二氧化碳、硫化氢等。如海水中的细菌能降解石油。生物有巨大的净化能力。但不是无限的。利用并强化生物净化能力保护环境是环境生物学中重要的研究课题。