毛细管电泳色谱仪是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，是分析科学继液相色谱仪之后的又一重大进展，使分析科学从微升级进入到纳升级水平，应用十分广泛。

一、在蛋白质和多肽分析中的应用：

  1、肽、蛋白质和糖蛋白的鉴别。

  2、结构分析。

  3、纯度检测。

  4、非均一性和多样性研究。

  5、稳定性研究。

  6、结合和动力学研究。

  7、定量测定。

  8、等电点测定。

  9、蛋白质和多肽的质量控制。

10、微量制备。

二、在糖类和糖蛋白中的应用：

  1、多糖谱图测定。

  2、水化合物的分离和测定。

  3、蛋白质分析。

  4、构体分析。

  5、糖脂分析。

三、在核酸和核苷酸分析中的应用：

  1、核酸和基因疫苗的质量控制。

  2、碱基、核苷和核苷酸分析。

  3、纯度检测、片段收集和微量制备。

  4、PCR产物和dsDNA分析。

  5、蛋白质与DNA的相互作用研究。

  6、基因突变测定。

  7、基因表达测定。

  8、DNA序列测定。

四、在临床医学中的应用：

  1、临床疾病诊断。

  2、临床蛋白分析。

  3、基因诊断。

  4、病毒检测。

  5、临床药物检测。

  6、药物代谢研究。

  7、临床分子生物学测定。

五、CE－MS联用技术应用：

  1、药物结构。

  2、药物及其代谢产物分析。

  3、蛋白质和多肽结构分析。

  4、蛋白质酶解产物测定。

  5、核苷酸和DNA结构分析。

六、在其它工业领域中的应用：

  1、药品纯度和杂质检测。

  2、石油化工产品杂质检测。

  3、食品中有机酸和矿物质分析。

  4、环境污染物分析。

  5、金属阴阳离子和无机离子检测。

  6、烟草中成分检测。

  7、纺织染料检测。

  8、表面活性剂检测。

七、在其它药物分析中的应用：

  1、主成分定量测定。

  2、痕量杂质检测。

  3、中药材成分和指纹谱图分析。

  4、中药复方制剂中化学成分测定。

  5、药物计量离子配比测定。

  6、药物代谢产物测定。

  7、药物与蛋白质的相互作用研究。

  8、药厂质控。