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国自然研究热点——eccDNA的前世今生(一)

2021.3.08

1. eccDNA为什么火?它到底是何方神圣?

2019年11月,顶尖国际学术期刊《Nature》和《Cell》相继发表了关于染色体外环状DNA(extrachromosomal circular DNA,eccDNA)的重要研究,彻底颠覆了人们对癌基因的传统认知,同时也迅速引爆了整个生物医学界,一时之间,将人们的目光都吸引到这个科研界的新宠儿身上。



 

大家都知道,DNA位于染色体上,但事实上,染色体外也有DNA,其中有一种特殊的环状DNA,就是今天要跟大家介绍主角--eccDNA。环状DNA是自然界普遍存在的一种DNA分子形式,例如细菌或酵母等微生物的基因组DNA、细菌质粒、线粒体DNA等等都是环状DNA分子。真核生物中还有一类特殊的环状DNA分子,它们从正常基因组中分离或脱落下来,游离于染色体基因组之外,以特殊的方式参与生理或病理过程。由于它们是在染色体之外独立存在的DNA分子,因此统称为染色体外DNA,又因为是环状结构,因此称其为染色体外环状DNA,简称eccDNA。它在很多物种中均存在,包括酵母、线虫、果蝇、哺乳动物、植物等等。


eccDNA 广泛存在于包括人类的各种真核生物中


其实,这种DNA并不是首次被发现,早在1965年就有关于eccDNA的报道,但当时并没有引起科学界重视,认为它只是染色体外无意义的垃圾碎片。近年来研究表明,eccDNA往往在肿瘤和衰老过程中富集,以特殊的方式参与肿瘤和衰老的发生发展进程。在大部分人类癌症细胞中eccDNA广泛存在,且它的富集通常会促进癌基因的扩增,从而增加了癌基因的可塑性和不稳定性,因此其对肿瘤细胞的进化可能存在重要的意义,这一发现使eccDNA一跃成为科研界的新宠儿。

2. eccDNA的主要特征

(1) 长度特征
目前对eccDNA的大小还没有定论,eccDNA大部分小于25kb,主要分布在0.1-5KB,但不同的文献报道中表述略有差别。它们往往是一些特殊的基因区域形成的,可携带完整的基因和特殊的调控元件,能独立完成复制过程,但不携带着丝粒和端粒结构。


eccDNA的长度分布
 


(2) 结构特征
早期对eccDNA结构认识比较局限,主要发现它们是环状DNA分子,并且往往是一些基因扩增的产物,其中也包含着DNA复制起始点,因此可以独立完成复制作用。2019年,Nature以及Cell文章对eccDNA的结构有了较为深刻的探索分析,发现eccDNA不仅携带了完整的基因,还携带了基因上游的启动子和增强子元件。eccDNA的染色质结构更加松散,其中的电镜照片也清楚的显示eccDNA为游离在染色体之外的环状DNA分子。


电镜展示eccDNA的圆环结构


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