植物中也发现了基因转换的现象, 但不只集中在r RNA基因上, 它是反转录转座子的序列以及质体中的基因组序列保持高度一致的机制。

　　黄花烟草 (Nicotiana rustica) 是一种异源四倍体, 是由圆锥烟草和波叶烟草天然杂种的染色体数加倍形成的。研究发现黄花烟草中的r D N A和I G S区 (intergenic spacer region) 都是波叶烟草型的, 因而认为这是定向基因转换而导致的。

　　反转录转座子以高拷贝在植物界广泛分布, 这类移动元件怎样保持各拷贝间序列高度相似性一直不得而知。最近提出这就是基因转换所实现的。如Kejnovsky等在蝇子草中发现了一种新的反转录转座子Retand, 它活跃转录且大量存在, 经分析蝇子草的X、Y和常染色体, 分离到Retand的LTR (long terminal repeat) , 并发现X、Y染色体的LTRs比常染色体的有更低的核酸位点多态性, 尤其是Y染色体的LTRs之间的一致性非常高, 这被认为是基因转换所致。

　　在高等植物中存在的一些无性繁殖系统, 如质体和线粒体, 它们一般是多倍体的。有证据表明它们基因的突变率远远低于细胞核。Khakhlova等在转基因烟草的质体的基因上人工引进突变而后跟踪观察, 发现经过三代后引进的突变被原来的野生型完全替代。因此认为在烟草的质体中发生了基因转换, 并进而认为这正是降低多倍体无性繁殖系统的突变率的机制。