溴酚蓝跑到胶的底部为准，26kD在10%的由下往上1/4的地方，而15%就在由下往上大约1/2（不太确定）的地方，对于分子量比较小的蛋白，胶的浓度越大，分离效果越好。
但是必须考虑到，胶的孔径一旦小于蛋白-SDS复合体的直径，分子量大于这个蛋白的所有蛋白仍然不能有好的分离效果。如果孔径太大，所有蛋白都跑得那么快，也是分不开的。
关键是看这个分子量附近的蛋白，比如±5kD以内的所有蛋白，在不同浓度的胶中的速度差要尽可能达到最大，假设是对数正态分布，那么方差要足够大，才会有较好的分离效果。另一方面，蛋白跑的路程越大，也越能和附近的蛋白分开。
