如何选择激发光波长和发射光波长
激发光波长：在效果相同的情况下，光源容易得到。
发射光波长：在效果相同的情况下，波长容易检测得到。
如果仪器没有上述功能，一般可将仪器的激发波长(EX)先设定为200nm，然后进行发射波长(EM)模式扫描，(EM)波长范围暂设定为210－800nm，然后记录所有出现的峰值波长；改变激发波长(EX)后再扫描。
如第二次发射图谱中的某个（或某些）峰的位置没有位移（或位移很少），一般来说这个（或这些）峰就是荧光峰；因为荧光峰的位置是不随激发波长的改变而改变的，仅是峰高（或峰面积）发生改变。
激光波长
对杂散光及信噪比的影响十分显著，当狭缝宽度不变时，用氩激光514.5nm比用488.0nm波长激发样品，杂散光要小一到二个数量级（±100cm-1范围内），并且分辨率有所提高。这一方面是由于长波长激光对仪器内少量灰尘或试样中缺陷的散射弱；另一方面由于狭缝宽度一样时，不同波长的光由出射狭缝出射时所包含的谱带宽度不一样。
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