甲基化干扰实验的实验步骤

用DMS处理靶DNA使之局部甲基化（平均每条DNA只发生一个G碱基甲基化作用）

同细胞蛋白质提取物一起进行温育，促进使DNA与蛋白质的结合

进行凝胶电泳形成两种靶DNA条带：

a、 其一没有同蛋白质结合的DNA正常电泳条带

b、其二同特异蛋白质结合而呈现滞后的DNA电泳条带

将这两种DNA电泳条带分别从凝胶中切出，并用六氢吡啶进行切割，结果为：

a、甲基化的G残基被切割:因为转录因子蛋白质只能够同未发生甲基化的正常的结合位点结合，所以在转录因子DNA结合位点序列中的G残基如果被DMS甲基化之后，转录因子就无法同其结合位点（顺式元件）发生结合作用，从而使得结合位点中的G残基同样也要被六氢吡啶切割；

b、不具有甲基化G残基的靶DNA 序列则不会被切割

将结合蛋白质的DNA条带和不结合蛋白质的DNA条带，经六氢吡啶切割作用之后，再进行凝胶电泳

作放射自显影，读片并分析结果

3、结果判断：

a、同转录因子蛋白质结合的靶DNA序列，经六氢吡啶切割之后，电泳分离呈现两条带，有一个空白区

b、不同转录因子蛋白质结合的靶DNA序列，经六氢吡啶切割后，电泳分离呈现三条带，没有空白区域的出现。

4、应用：

a、甲基化干扰实验可以用来研究转录因子与DNA结合位点中的G残基之间的联系；

b、是足迹实验的一种有效的补充手段，可以鉴定足迹实验中DNA与蛋白质相互作用的精确位置

5、缺点：

DMS只能使DNA序列中的G和A残基甲基化，而不能使T和C残基甲基化。