病变的根本原因为基底膜的重要组分Ⅳ型胶原不同α链(α1-αa6)的突变，其编码基因称为COL4A1-COL4A6，分别位于不同的染色体上。约85%AS病人为性连锁显性遗传(X-Linked AS，XLAS)，致病基因定位于X染色体长臂中段Xq 22，为编码Ⅳ型胶原α5链(COL4A5)基因突变所致；其余病人为常染色体隐性遗传(autosomal recessive AS，ARAS)和常染色体显性遗传AS(autosomal dominant AS，ADAS)，前者致病基因为COL4A3或COL4A4基因，而后者具有遗传多源性。

　　运用免疫组织化学技术，检测肾组织、皮肤组织中Ⅳ型胶原不同α链的表达，可帮助临床上诊断此病及确定遗传方式。另一方面，人们不仅确定了Alport综合征的致病基因，且已通过各种方法检测出了300余种XLAS和数种ARAS的突变基因，并开始逐步探讨患者基因型与表现型之间的关系。