琼脂糖凝胶电泳常见问题与解决办法
一、凝胶制备
1. 微波炉溶解琼脂糖时，胶液沸腾冲溢出三角锥瓶微波炉加热时胶液可能发生剧烈沸腾，
（1）总液体量不宜超过三角锥瓶的50%容量。
（2）2%以上胶液设置中火加热。
（3）胶液剧烈沸腾时，停止加热，移开三角锥瓶，请戴上防热手套，小心摇动三角锥瓶，然后再次加热，胶液沸腾直至胶液清澈，保证琼脂糖完全溶解。
2. 琼脂糖电泳图像背景模糊不清：琼脂糖没有完全溶解会造成电泳图像背景模糊不清。完全溶解的琼脂糖胶液清澈，三角锥瓶内壁应没有粘附琼脂糖颗粒。
3.加热后水分蒸发，如需要应加入热的蒸馏水，补足到原来的重量，摇匀。
二、电泳
1. DNA条带模糊，拖尾。
（1）DNA降解。避免核酸酶污染。
（2）DNA上样量过多。减少凝胶中DNA上样量。
（3）电泳缓冲液陈旧:电泳缓冲液多次使用后，离子强度降低，pH值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳效果。建议经常更换电泳缓冲液。
（4）电泳条件不合适。电泳时电压不应超过20 V/cm，温度＜30℃,巨大DNA链，温度应＜15℃，核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力。
（5）DNA样含盐过高。泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐。
（6）有蛋白污染。电泳前抽提去除蛋白。
（7）DNA变性。电泳前勿加热，用20 mM NaCl缓冲液稀释DNA。
2. DNA条带淡弱或无DNA带。
（1）DNA的上样量不够：增加DNA的上样量。
（2）DNA降解：避免DNA的核酸酶污染。
（3）DNA走出凝胶：缩短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度。
（4）分子大小相近的DNA带不易分辨。增加电泳时间，使用正确的凝胶浓度。
（5）DNA变性：电泳前请勿高温加热DNA链，用20 mM NaCl Buffer稀释DNA。
（6）DNA链巨大，常规凝胶电泳不合适。在脉冲凝胶电泳上分析。
3. DNAMARKER条带扭曲。
（1）配制凝胶的缓冲液和电泳缓冲液不是同时配制的。使用同时配制的缓冲液。电泳时缓冲液高过液面1~2 mm即可。
（2）电泳时电压过高。可以在电泳前15分钟用较低电压（3 V/cm），等条带出孔后，再调电压。
（3）尽量慢慢加样，等样品自然沉降后再加电压。
