在离子阱质谱仪（Ion trap, IT）中，可以捕获离子，因此也可以积累离子。离子阱技术具有无法比拟的高灵敏度和快速数据采集能力。将离子阱技术与数据依赖性采集技术（data-dependent acquisition）结合起来，我们就能进行高通量的质谱检测。

　　不过，离子阱质谱仪的分辨率有限，捕获离子的能力不高，再加上空间电荷效应（space-charging effect）的影响，因此离子阱质谱仪的检测准确度不够高。改进型的线性离子阱质谱仪（linear ion trap analyzers, LIT）具有更高的离子捕获能力，更宽广的动态范围和更高的灵敏度。现在，线性离子阱质谱仪已经取代了传统的四级杆捕获设备。我们通常都会使用线性离子阱质谱仪中的慢速扫描功能来提高分辨率。离子阱质谱仪也都具有多阶段连续MS/MS功能，有了这种功能，我们能够反复分离、裂解某些离子片段，这是发现诸如磷酸化等翻译后修饰情况的好方法。

　　线性离子阱质谱仪技术已经被运用到三重四级杆质谱仪（triple quadrupole–type instrument）当中，这种新型的质谱仪具有了许多新的功能。Q-Q-LIT质谱仪就是这种三重四级杆质谱仪，它具有母离子扫描功能和中性丢失扫描功能，同时该质谱仪的敏感度也有所提高（图1B、C）。

　　这些新型的质谱仪为我们提供了分析蛋白质翻译后修饰情况的“利器”。此外，Q-Q-LIT质谱仪具有的多重反应监测能力（multiple reaction monitoring, MRM）能够帮助我们发现母离子与某一片段之间的转换情况。将这种MRM技术与高效能循环（high duty cycle）结合起来，就能获得无与伦比的敏感性，并且能够进行定量分析。