在实际使用中，仪器首先要对光散射信号进行测量。当光散射分析与荧光探针联合使用时，可鉴别出样品中被染色和未被染色细胞。光散射测量最有效的用途是从非均一的群体中鉴别出某些亚群。

　　荧光信号主要包括两部分：①自发荧光，即不经荧光染色细胞内部的 荧光分子经光照射后所发出的荧光；②特征荧光，即由细胞经染色结合上的 荧光染料受光照而发出的荧光，其荧光强度较弱， 波长也与照射激光不同。自发荧光信号为噪声信号，在多数情况下会干扰对特异荧光信号的分辨和测量。在 免疫细胞化学等测量中，对于结合水平不高的荧光抗体来说，如何提高信噪比是个关键。一般说来，细胞成分中能够产生的自发荧光的分子（例核黄素、 细胞色素等）的含量越高，自发荧光越强；培养细胞中死细胞/活细胞比例越高，自发荧光越强；细胞样品中所含亮细胞的比例越高，自发荧光越强。

　　减少自发荧光干扰、提高信噪比的主要措施是：①尽量选用较亮的 荧光染料；②选用适宜的激光和滤片 光学系统；③采用电子补偿电路，将自发荧光的本底贡献予以补偿。