骨骼肌动蛋白和黏着斑蛋白侧向光学平面上的共定位
举一个例子， 图 1 的一系列图表明了骨骼肌动蛋白和黏着斑蛋白侧向光学平面上的共定位（激光扫描共聚焦显微镜中的 XY 面）。这些共定位点可作为肌动蛋白丝的成核位点，也可作为外部介质、质膜和肌动蛋白骨架之间的交联剂。图 1（ a）是 Alexa Fluor 568 通道（目标对象是黏着斑蛋白），由 543nm 的氦氖激光器激发；而 Figure1（ b）是 Alexa Fluor488 通道(目标对象是丝状肌动蛋白)，由 488nm 的氩离子激光器激发； Figure1（ c）是前面两幅图的叠加，表明两种荧光信号在丝状肌动蛋白纤维末端的共定位。必须指出的是，共定位并不指的是具有相似发射光谱的荧光团出现在合成图像的同一个像素上。准确的共定位分析只有在荧光团的荧光发射光谱足够分离且滤色片（或光谱狭缝宽度）正确设置的情况下才有可能。荧光团发射光谱之间的大量叠加或滤色片组合的不正确使用，都可能导致光谱串色，这种情况下共定位的测量就没有意义。为了避免产生共定位假象，荧光团必须与照明光源的光谱认真匹配（共聚焦中是激光线），来获得最大激发效率，同时在发射光谱之间保持一定的分离度。在大多数情况下，对共定位分析来说，荧光团的选择对获得满意结果极为重要。
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