结合疫苗

利用细菌表面多糖结构，有时这些结构对免疫系统的辨识上效果不佳，借由将这层结构连结上许多特殊物质，例如特殊结构的蛋白质、毒素或糖类，可以增进免疫系统的判断力，这种方式已成功用在B型流感嗜血杆菌疫苗。

基因重组载体疫苗

以微生物的生理运作为基础，配合其他物种微生物的DNA，这种方式研发出的疫苗，可能对感染过程复杂的疾病有所帮助。例如将细菌的DNA切成片段，组合至酵母菌的染色体中，利用酵母菌制作该片段之细菌蛋白质作为疫苗，可免除致病细菌对人体的实质伤害，达到免疫效果。

DNA疫苗

对目标细胞，借由改造过的病毒或细菌感染，以插入基因或调节基因表现（gene expression）的手法，引起免疫系统的活化，若这些细胞因此在表面呈现异于接种者本身的物质，将会被免疫系统辨识后受到攻击，尽管此项技术仍在试验中，却有可能成为未来治疗癌症、遗传疾病的重要疗法。