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周强组解析首个人源氨基酸转运体LAT1–4F2hc复合体结构

2019.3.14

  L 型氨基酸转运体1,简称LAT1(也被称作SLC7A5),属于反向转运蛋白,能向胞内转运不带电氨基酸,此外还参与药物的吸收、甲状腺激素及激素前体物质如L-DOPA的跨膜运送。LAT1和 LAT2(SLC7A8)同属于SLC7 家族,其介导氨基酸反向协同转运过程不依赖于钠离子,其中LAT1也不依赖于pH。

  LAT1和LAT2具有相似的胞内胞外底物选择性,LAT1倾向于转运较大的不带电氨基酸,如亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸、甲硫氨酸和组氨酸【1】,LAT2的选择性更广,但一般而言底物亲和力更低。在组织特异性上,两者表达也有差别,另外LAT1在多种肿瘤细胞中检测到表达上调,使其成为潜在的抗肿瘤药物靶点【2】。在结构上,LAT1通过二硫键与4F2 细胞表面抗原重链糖蛋白(4F2 cell surface antigen heavy chain,也叫SLC3A2)共价连接形成LAT1-4F2hc复合体【3】。尽管已有工作解析了细菌来源的LAT1-4F2hc同源晶体结构及人源的LAT2-4F2hc负染的低分辨结构,但人源LAT1-4F2hc复合体亚基之间的相互作用及转运的工作机制仍未明了。

  2019年3月14日,西湖大学生物学研究所周强研究员团队在Nature发表了题为Structure of the human LAT1–4F2hc heteromeric amino acid transporter complex的论文(第一单位为清华大学),该研究利用冷冻电镜技术,研究者首次解析了人源LAT1–4F2hc复合体整体分辨率3.3Å的高分辨结构,及LAT1–4F2hc与抑制剂2-amino-2-norbornanecarboxylic acid (BCH)结合的3.5Å的结构。

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  研究者在HEK293F细胞中外源大量表达人源LAT-4F2hc蛋白,纯化后蛋白用于冷冻电镜样品制备及体外的功能学研究。首先蛋白被重构入脂质体进行体外转运实验,通过检测复合体对同位素标记的亮氨酸[3H]leucine的吸收速率,实验测定了LAT1-4F2hc催化转运的Km值,确定体外表达纯化蛋白具有活力。其他LAT1底物与[3H]leucine的竞争性实验表明,[3H]leucine的转运活力可被苯丙氨酸、色氨酸、亮氨酸、酪氨酸、L-DOPA、组氨酸、甲硫氨酸、BCH和异亮氨酸抑制,抑制程度依次降低。同时研究者单独纯化了LAT1蛋白,进行了体外重构脂质体的转运实验,发现LAT1单独几乎无转运活性,有力地说明了4F2hc在转运过程中发挥着重要作用。

  该工作解析了人源LAT1–4F2hc复合体整体分辨率3.3Å的高分辨结构,这是已发表工作中,冷冻电镜解析的高分辨无对称性的最小膜蛋白,可见区部分不到100kDa。此外研究者还收集了加入抑制剂JPH203的蛋白样品的数据,功能实验证明了JPH203对重构入脂质体的LAT-4F2hc复合体的抑制,但3.3Å结构中并没有看到抑制剂的密度。三个结构HAT + BCH,HAT + JPH203, apo-HAT(未外加药物的结构)整体构象几乎一致,通过与apo-HAT密度比较,研究者在HAT + BCH结构中发现一处可以较好匹配BCH分子形状的密度(下图)。

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  LAT1–4F2hc复合体整体结构呈现朝胞内打开的构象,4F2hc上有四个糖基化位点。研究者看到了BCH的密度,对BCH周围有相互作用的氨基酸突变后,发现带有点突变的复合体对亮氨酸的转运能力下降,这和根据与GkApcT和 AdiC转运体序列比对结果推测的转运路径相符,根据与其他氨基酸转运体的序列比对结果与对结果分析,找到Tyr117, Phe252, Trp257, Asn258, Tyr259和 Arg348等氨基酸,绘制了可能的氨基酸转运路径。

  对结构的分析中发现,4F2hc与LAT1除形成二硫键外,还有多个相互作用的界面,由多个氨基酸参与形成,有意思的是,这些有相互作用的氨基酸均在远离底物转运路径,但某些关键相互作用氨基酸发生突变,会显著降低氨基酸的转运能力,推测4F2hc像一个支架,支持底物转运过程中LAT1的变构。

  基于对高分辨结构的解析及功能实验验证,对LAT1–4F2hc复合体可能的工作机制提出了如下的模型:

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  总的来说,该工作中LAT1-4F2hc复合体高分辨结构清晰的密度,为疾病相关突变的研究提供了结构基础,对LAT1-4F2hc转运底物机制的探究具有重要意义,LAT1-4F2hc与抑制剂BCH结合的构象为针对LAT1-4F2hc的抗癌药物研发提供帮助。

  据悉,西湖大学生物学研究所周强研究员为此文的通讯作者,清华大学博士生鄢仁鸿、赵馨为共同第一作者。

  通讯作者简介:

  周强(1982 -),黑龙江齐齐哈尔人。2000-2004年本科就读于清华大学,获学士学位。2004-2012年博士师从隋森芳院士就读于清华大学,获博士学位。博士毕业后继续留实验室从事博士后研究工作。2015年博士后出站后在清华大学医学院颜宁教授课题组任副研究员。2019年初将加盟西湖大学担任西湖学者、特聘研究员,开展独立研究工作。(信息来源于西湖大学官网)

  原文链接:

  https://doi.org/10.1038/s41586-019-1011-z

  参考文献

  1.

  Kanai, Y. et al. Expression cloning and characterization of a transporter for large neutral amino acids activated by the heavy chain of 4F2 antigen (CD98). J. Biol. Chem. 273, 23629–23632 (1998).

  2.

  Yanagida, O. et al. Human L-type amino acid transporter 1 (LAT1): characterization of function and expression in tumor cell lines. Biochim. Biophys. Acta 1514, 291–302 (2001).

  3.

  del Amo, E. M., Urtti, A. & Yliperttula, M. Pharmacokinetic role of L-type amino acid transporters LAT1 and LAT2. Eur. J. Pharm. Sci. 35, 161–174 (2008).


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