聚丙烯酰胺凝胶中DNA片段的回收（压碎与浸泡法）
实验方法原理 从聚丙烯酰胺凝胶中回收 DNA 的标准方法是由 Maxam 和 Gilbert (1977) 最先介绍的“压碎与浸泡”技术。洗脱下来的 DNA 通常不含有酶抑制物及对细胞转染或微量注射有毒害的污染物。此方法所需时间长，但是工作量小。回收率少于30%~90%，视 DNA 片段大小而定。
实验材料 DNA 标准参照物DNA 样品
试剂、试剂盒 丙烯酰胺凝胶洗脱缓冲液氯仿乙醇凝胶载样缓冲液酚氯仿乙酸钠TE
仪器、耗材 聚丙烯酰胺凝胶一次性使用的塑料层析柱转轮或旋转平台紫外灯
实验步骤
一、材料
1. 缓冲液和溶液
丙烯酰胺凝胶洗脱缓冲液（0.5 mol/L 乙酸镁，10 mmol/L 四水乙酸镁，1 mmol/L EDTA (pH 8.0)，0.1%（m/V）SDS（可选或不选））
氯仿
乙醇
6X 凝胶载样缓冲液
酚：氯仿（1:1, V/V）
乙酸钠（3 mol/L, pH 5.2)
TE (pH 8.0)
2. 凝胶
聚丙烯酰胺凝胶
适宜浓度的聚丙烯酰胺凝胶和高分辨率琼脂糖凝胶
3. 核酸和寡核苷酸
DNA 标准参照物，由限制酶消化已知量的 DNA 样品得到
DNA 样品
4. 专用设备
一次性使用的塑料层析柱（如 Quik-Sep 柱，Isolabs，Inc.) 或装有 Whatman GF/C 滤纸致密硅化玻璃棉的注射器针筒
转轮或旋转平台，置于 37℃ 温箱中
手提式长波（302 nm) 紫外灯
二、方法
1. 按照方案 “中性聚丙烯酰胺凝胶电泳” 的方法，进行 DNA 样品和标准参照物的聚丙烯酰胺凝胶电泳。用放射自显影或长波紫外灯（302 nm) 检测溴化乙錠或 SYBR Gold 染色的凝胶, 以确定目的 DNA 的位置。
2. 用干净、锋利的解剖刀或剃须刀片切下含有目的条带的凝胶，要使切下的聚丙烯酰胺凝胶条尽可能小。可按如下方法中的任何一个操作：
(1) 在紫外灯照射下，将凝胶与 Saran Wrap 膜一同切下，然后从膜上剥下凝胶条。
(2) 紫外灯从下面照射凝胶，用永不褪色的标记笔（如 Sharpie 笔）在玻璃板的背面勾勒出 DNA 条带的位置。翻转凝胶，揭去 Saran Wrap 膜，按照标记笔作的标记切下 DNA 条带。
(3) 当用放射自显影检测时，将曝光后的放射自显影胶片放在 Saran Wrap 膜上，并与凝胶比齐。用标记笔在玻璃板的背面勾勒出所需 DNA 片段的位置。移去胶片和 Saran Wrap 膜，切下该条带。
3. 将切下的凝胶条移入微量离心管或聚丙烯管中，用一次性吸头或接种针对着管壁将凝胶挤碎。
或者，用干净的解剖刀或剃须刀先将凝胶切成小条再放入洗脱管中。
4. 估计出凝胶条的大致体积，向微量离心管中加入 1~2 倍体积的丙烯酰胺凝胶洗脱缓冲液。
5. 盖上离心管盖，在转轮或旋转平台上 37℃ 温育。
6. 样品在台式离心机中以最大转速于 4℃ 离心 1 min。将上清移入另一新的离心管中，应特别小心，不要将聚丙烯酰胺凝胶块转移进去（使用一根拉长的巴斯德吸管效果甚佳)。
7. 向聚丙烯酸胺沉淀物中再加入 0.5 倍体积丙烯酰胺凝胶洗脱缓冲液。混旋片刻，再次离心。合并两次上清液。
8. (可做可不做）上清液通过一次性使用的塑料层析柱（如Isolabs, Inc., Quick-Sep 柱）或装有 Whatman GF/C 滤膜或充填硅化玻璃棉的注射器针筒，以去除残留的聚丙烯酰胺胶块。
9. 将 2 倍体积 4℃ 的乙醇加到穿过液中，冰上放置 30 min。在台式离心机中以最大转速于 4℃ 离心 10 min，回收 DNA。
10. 用 200 μl TE ( pH 8.0) 溶解 DNA, 再加入 25 μl 3 mol/L 乙酸钠溶液（pH 5.2), 然后按步骤 9 的方法用 2 倍体积的乙醇再次沉淀 DNA。
11. 用 70% 乙醇小心洗涤 DNA 沉淀。TE ( pH 8.0 ) 重溶 DNA 至终体积 10 μl。
12. 通过聚丙烯酰胺或高分辨率琼脂糖凝胶电泳对 DNA 进行定性和定量。
(1) 将少量最终制备得到的 DNA 片段（约 20 ng）与 10 μl TE ( pH 8.0) 混合，加入 2 μl 所需的凝胶载样缓冲液。
(2) 在适当浓度的聚丙烯酰胺或高分辨率琼脂糖凝胶上样并电泳，用已知的内切酶消化产物作为分子质量标记。分离的片段应和分子质量标记中相同大小的片段同步迁移。
(3) 仔细检査凝胶是否存在 DNA 污染的弱荧光条带。常常可以比较目的条带和分子质量标记条带的相对荧光强度估计 DNA 量。
