对实验仪器性能的比较一直以来都是一个存在很多争议的话题。因为性能是服务于需求的，是取决于待测样品和实验步骤的。质谱仪对单独肽段样品进行检测时敏感度总是很低，不过如果生物样品的基质背景（matrix background）很高，那么检测的敏感度就会提高好几个数量级。这种同一款仪器在性能上表现出来的“不稳定性”其实很常见，在仪器处于不同操作条件或状态下时（比如在最优条件下，常规条件下和大批量处理条件下）它们的性能表现都是不同的。

　　实验目的是想进行定量分析还是蛋白质鉴定，这也决定了该使用哪种仪器。在蛋白质鉴定试验中，仪器的分辨率（能很好地区分不同组分）和准确性是最主要的，而在定量研究中，敏感度、动态范围和MRM能力才是最主要的。因此，我们应该根据实验目的的需要以及实验设计安排来确定该使用哪种质谱仪。

　　要想用全扫描模式（full scanmode）获取定量数据的同时再用MS/MS模式获取定性数据是一件非常困难的事情。不过某些“杂交”质谱仪，比如LIT-ICR质谱仪，由于它们能够平行采集数据，因此可以部分解决上面那个问题。精确的定量分析需要源自整个洗脱图（entire elution profile）的高质量的、高信噪比的数据信息。数据质量与数据采集参数高度相关，这些数据采集参数包括扫描时间或者采样时间（对于非扫描质谱仪而言）。因此，我们经常需要在数据质量和样品处理能力（量）之间做出取舍。