DNA测序-非同位素银染色法的注意事项
(1)测序所用模板DNA的量一般按下面要求加入:
模板种类/长度 模板量
200 bp(PCR产物):16 ng(120 fmol)
3000~5 000 bp(超螺旋质粒DNA): 4 mg(2 pmol)
48 000 bp(λ,粘粒DNA): 1 mg(31 fmol)
由于超螺旋质粒产生的信号比松弛的线性双链DNA弱,因此使用超螺旋质粒作为模板时其用量要比其它模板大一些。
(2)计算与4.5 pmol相当的引物纳克数可用以下一般公式:
4.5 pmol=1.5 ng×n,其中n为引物碱基数
计算与1p mol相当的引物微克数可用以下一般公式:
dsDNA:1 pmol=(6.6×10mg)×n,其中n为模板碱基对数
ssDNA:1pmol=(3.3×10mg)×n,其中n为模板碱基数
(3)为阻止Taq DNA聚合酶延伸非特异性退火引物, 热循环仪必须预热至95℃。温度变换应越快越好。下面的循环时间不包括变温时间。如果你无法确定使用何种模式,建议从模式1开始。
模式1:适用于引物<24碱基或GC含量<50%
95℃ 2分钟,然后: 95℃ 30秒(变性),42℃ 30秒(退火),70℃ 1分钟(延伸)。
模式2:适用于≥24碱基或略短的GC含量≥50%的引物。
95℃ 2分钟,然后:95℃ 30秒(变性),70℃ 30秒(退火/延伸)。
(4)在加入终止溶液之后样品可在4℃保存过夜。