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DNA测序-非同位素银染色法的注意事项

2022.3.08

  (1)测序所用模板DNA的量一般按下面要求加入:

  模板种类/长度 模板量

  200 bp(PCR产物):16 ng(120 fmol)

  3000~5 000 bp(超螺旋质粒DNA): 4 mg(2 pmol)

  48 000 bp(λ,粘粒DNA): 1 mg(31 fmol)

  由于超螺旋质粒产生的信号比松弛的线性双链DNA弱,因此使用超螺旋质粒作为模板时其用量要比其它模板大一些。

  (2)计算与4.5 pmol相当的引物纳克数可用以下一般公式:

  4.5 pmol=1.5 ng×n,其中n为引物碱基数

  计算与1p mol相当的引物微克数可用以下一般公式:

  dsDNA:1 pmol=(6.6×10mg)×n,其中n为模板碱基对数

  ssDNA:1pmol=(3.3×10mg)×n,其中n为模板碱基数

  (3)为阻止Taq DNA聚合酶延伸非特异性退火引物, 热循环仪必须预热至95℃。温度变换应越快越好。下面的循环时间不包括变温时间。如果你无法确定使用何种模式,建议从模式1开始。

  模式1:适用于引物<24碱基或GC含量<50%

  95℃ 2分钟,然后: 95℃ 30秒(变性),42℃ 30秒(退火),70℃ 1分钟(延伸)。

  模式2:适用于≥24碱基或略短的GC含量≥50%的引物。

  95℃ 2分钟,然后:95℃ 30秒(变性),70℃ 30秒(退火/延伸)。

  (4)在加入终止溶液之后样品可在4℃保存过夜。

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