离子色谱仪的应用已渗透到众多领域
离子色谱仪的应用的范围从分析水中常见阴、阳离子和有机酸，发展到分析极性有机化合物以及生物样品中的糖(单糖、寡糖)、氨基酸、肽、蛋白质等。离子色谱联用技术的发展，使得这项分析技术的应用范围和检测灵敏度有了很大的提高。已有大量离子色谱与原子吸收(发射)光谱、电感偶合等离子体、质谱联用的报道。
用过离子色谱的朋友都知道，离子色谱所用的淋洗液(液相色谱叫流动相)一般都是酸性或碱性溶液，是具有腐蚀性甚至强腐蚀性的，所以液路里像液相色谱里的不锈钢等金属部件用的就不多了。
离子色谱液路中的接头、密封件(卡环、密封垫等)绝大多数都是由聚四氟、增强四氟、橡胶、PEEK材料制成的。
色谱柱是离子色谱仪系统的核心部件之一，阴离子系统色谱柱柱管和接头等件大多都是不锈钢的，填料大多都是阴离子树脂的。阳离子系统色谱柱柱管大多都是PEEK或钢化玻璃的，填料为阴离子树脂。
抑制器是离子色谱仪的又一核心部件，它一般都采用膜结构和柱结构。膜结构的一般由PEEK等塑料部件、树脂填料、树脂膜组成，也有的会用到些纯钛等部件。柱结构，柱管及接头等大多都是PEEK等耐腐蚀材料，填料大多都是抑制树脂或抑制胶等。
离子色谱的检测池以PEEK、聚四氟等塑料材料为主，像电导检测器电极可能会采用耐腐蚀较强的316不锈钢，镀银部件，镀铂部件等导电材料。
废液管，一般都是内径较细，一般为0.25mm、0.5mm或0.75mm,较长的聚四氟管了,一般为1.5-2.0m。
总的来说，环境样品分析依然是离子色谱仪的重要应用领域。所涉及的样品有工业废水、饮用水、酸沉降物，大气颗粒物等样品中阴、阳离子以及其他对环境有害物质的分析，特别是价态和形态的分析，例如As(Ⅲ)与As(Ⅴ")，Cr(Ⅲ!)与Cr(Ⅵ)，Fe(Ⅱ)与Fe(Ⅲ)等。利用这一手段，对于研究污染物在环境中迁移、转化的过程有很大的帮助。另外，离子色谱在食品、卫生、石油化工、水文地质等领域也有广泛的应用。
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