摩根菌肺炎的诊断要根据其临床表现、胸片和病原体检查结果综合判断。

　　①临床上对有发热、畏寒、咳嗽、咳黄痰或白痰、气促，胸痛，查体显示双肺有湿性啰音，胸片显示双肺叶、段性浸润阴影，或有肺脓肿形成，外周血象显示白细胞和中性粒细胞计数增高，痰液涂片革兰染色有大量阴性杆菌的，应考虑该病的可能。

　　②对于医院获得性肺炎，因原发病存在，肺炎症状不典型。但如出现下列表现：在原发病基础上突然高热；咳嗽咳痰加剧；不明原因的呼吸衰竭和心衰；胸片显示双肺浸润阴影或在原病灶基础上出现新的浸润病灶；结合痰中有大量革兰阴性杆菌，也应考虑有本病的可能。

　　③反复进行查痰、血或直接进行下呼吸道分泌物培养。凡连续2次或2次以上痰培养均为摩根菌；或痰和血、胸腔积液培养均显示摩根菌；或直接呼吸道分泌物培养出摩根菌；或生前痰培养和死后从肺部均分离出摩根菌的，结合胸片结果即可确诊为摩根菌肺炎。但对于原发性或继发性摩根肺炎，临床上有时难以区别，一般认为凡在原发肺病等基础上出现的摩根菌感染，为继发性肺炎。