28日上午，专家组在研究所、实验室领导的陪同下对实验室进行了现场考察。专家们深入各课题组，视察实验室的科研工作状态、管理情况，听取了科研人员对实验室布局、最新研究进展、运行管理等方面的介绍；同时还视察了质谱、x-ray、生物成像等蛋白质科学研究平台的开放运行情况。
在随后进行的个别访谈中，专家组选取了实验室PI，平台技术首席专家，副研等10位实验室固定成员进行访谈，针对实验室满意度、个人发展、福利待遇、课题组管理、仪器设备管理等方面进行了调查。同时，评估组工作人员对评估材料进行了全面核查。
下午，专家组对实验室评估期限内的工作进行了综合评议，向实验室和研究所口头反馈了评估意见，对实验室的总体定位、研究方向、研究进展给予了肯定，并对实验室今后向国际一流研究机构迈进提出了殷切希望。
生物大分子国家重点实验室自1989年成立以来，在历次评估都获得优秀；特别是在2006年生命科学领域国家重点实验室评估中被免评为优秀。实验室对此次评估高度重视，在2010年初就将评估工作提到议事日程，多次召开主任会议，邀请实验室资深院士就评估工作给予指导，并召开2010年度夏季PI会，进一步凝练实验室研究方向。2011年以来，实验室制定了详细的筹备计划，积极开展各项评估准备工作。