福建农林大学第一篇Nature 张亮生组发表睡莲基因组
2019年12年19日，Nature杂志在线发表了来自福建农林大学（第一单位）张亮生组及合作者题为“The water lily genome and the early evolution of flowering plants”的研究论文。该研究获得了蓝星睡莲的高质量基因组，并通过其基因组与转录组结果展示了早期被子植物的进化特点和特征；同时解析了睡莲的花器官发育和花香花色调控基因，对园艺植物分子育种等应用具有重要参考价值。此外，我们公众号查询发现该篇文章为福建农林大学建校以来第一篇以第一完成单位的Nature文章，恭喜福建农林大学！
无油樟目（Amborellales），睡莲目（Nymphaeales）与木兰藤目（Austrobaileyales）一起属于早期被子植物类群，被称为ANA被子植物类群。ANA被子植物类群，与单子叶，真双子叶以及木兰类等一起组成现在的被子植物。开花植物在2亿年前起源，其快速辐射扩张到30万种并占领地球，这种被子植物快速辐射现象也被达尔文称为“恼人之谜”。
通常睡莲是指睡莲目睡莲科睡莲属种的睡莲，睡莲属分成5个亚属，包括了50多了种；广义的睡莲包括了睡莲科所有物种。 睡莲与荷花虽然相似，但是两种亲缘关系差别很远。睡莲有50多原生种，而荷花只有两种，睡莲具有更强的适应性和广泛的分布。睡莲的花色类型很多，除了常见花色类型，还有蓝色，紫色和各种嵌色系。睡莲的花香类型丰富并且浓烈，是理想的花香提取材料。花色花香是园艺植物非常重要的性状，了解背后的分子机制是分子遗传育种的第一步，而睡莲是理想的花色花香研究材料。睡莲基因组工作不仅助力睡莲成为早期被子植物的模式植物研究体系以及揭示早期开花植物进化特征，而且在花色花香等园艺性状研究方面做出一定贡献。
该研究获得了蓝星睡莲的高质量基因组，并通过系统发育组分析显示睡莲和无油樟属于早期被子植物类群，支持无油樟是最早的被子植物类群。通过基因组和转录组分析，睡莲科祖先发生了一次基因组加倍事件，这个事件可能在睡莲目祖先发生的。
此外，研究发现睡莲的ABC基因在各个花器官中具有广泛的表达谱，而ABC基因在单子叶和核心双子叶中具有严格的表达模式，表明早期被子植物的ABC基因可能具有广泛的表达，只是在单子叶和核心双子叶中严格表达，是后期进化出来的。睡莲的ABC基因表达情况可能也解释了萼片和花瓣没有真正意义上的分化，与被子植物花的祖先相似。
之后，该研究还推测了睡莲花色和花香的合成途径基因。通过比较自然变异的白色花瓣蓝星睡莲与蓝色花瓣的转录组，发现两个重要基因可能编码蓝色花瓣合成途径关键酶。睡莲的花香有11种成分主要是萜类和脂肪酸等，其中合成倍半萜基因与单双子叶中已知基因不一样。该研究还鉴定了一个在花瓣中高表达的脂肪酸合成酶同源基因，在酵母中检测到其具有催化的活性。此外，花香成分及其合成基因进化分析显示睡莲与核心被子植物是平行进化出花香。由于睡莲独特的进化位置，其基因组展示了早期开花植物的进化特征。
综上所述，该研究通过睡莲基因组发现基因组加倍和花香的起源对被子植物的快速辐射具有重要性，揭示早期开花植物的花器官发育可能不是严格受ABC基因调控。在园艺育种上，蓝色花瓣的合成关键基因的发现可以作为培育蓝色花瓣花卉的候选基因。
据悉福建农林大学张亮生博士是睡莲基因组工作的第一作者和唯一通讯作者，福建农林大学是第一作者和通讯单位。其中共同第一作者有南京农业大学陈飞，福建农林大学张兴坦，根特大学Zhen Li，复旦大学赵义勇等。张亮生博士，南京农业大学陈飞博士，陈峰教授以及比利时根特大学Yves Van de Peer教授，美国宾州州立大学马红教授，唐海宝教授是共同指导作者。
