BioTNT PCR Array实验操作(二)
三、数据导出后进行分析;
3.1 数据分析
基本设置
1. 确定基线
基线是qPCR扩增前期的荧光本底信号,一般都由仪器自动设置。不同仪器类型,基线的设置也略有不同,往往在荧光信号指数扩增阶段的前几个循环处,一般将定量PCR的前15个循环信号作为荧光本底信号,如果实验数据中最低CT还小于基线的设置上限,研究人员则需要手动设置。其设置原则为:起始值设置为2或3,终止值的设置为整个反应板中扩增最强检测因子的CT值减去2或3所得的值即可,一般设置在2-10的范围内,不要超过15。
2. 设定阈值
荧光阈值的正确设置是进行数据分析的关键一步,荧光阈值的设置往往在荧光信号指数扩增的起始阶段。一般情况下,内参基因的表达水平往往高于大多数的检测基因。
3. CT值的获得
所谓CT值就是在荧光PCR扩增过程中,当扩增产物的荧光信号达到设定的阈值(Threshold)时所经过的扩增循环次数(cycle),被称为CT值。
4. 多数的定量PCR仪是以Excel的形式导出CT值。
5. 选取合适的内参基因,用ΔΔCT数据分析方法对定量PCR结果进行相对定量分析。
6. 所有CT值大于35或显示N/A,均认为没有检测到该基因的表达。计算时按照CT值为35进行计算。
3.2 质量控制:
1. 通过定量PCR仪器分析软件检查每个检测基因的扩增曲线及融解曲线,每个内参基因、目的基因PCR的融解曲线均特异性的显示单峰。
2. PTC(阳性对照)反应孔,从融解曲线上分析均呈单一锐锋,从扩增曲线上分析,CT值介于17~23之间。
3. RTC(spike-in反转录对照)反应孔,从融解曲线上分析均呈单一锐锋,从扩增曲线上分析,CT值介于17~23之间。
3. 检查GDC(基因组DNA污染)反应孔的CT值。如果GDC反应孔CT值大于35,表明样本中存
在的少量基因组DNA污染不会影响基因表达定量检测结果。
4. RTC和 PTC的三重复CT 值应比较接近,说明实验重复性好。
3.3数据分析
下载数据分析系统 (http://www.biotnt.com)进行数据分析。此数据分析系统采用ΔΔCt 法来实现 fold-change 分析或基因的表达量水平(CT值)统计学分析。
1. 在开始分析前请下载并阅读“Biotnt Array数据分析操作指南”。
2. 将CT值输入相应的数据分析模板(Sample Data.xls和 Control Data.xls),选择合适的参照和分析参数。
注意:被选作采用ΔΔCt 法对qPCR Primer Array标准化的参数必须不受实验设计影响。
因此需采用一个或多个已经过实验确证的参数。参数的单个CT值或平均值可用于标准化实验。
3. 完成指定分析。实验重复至少3次后会得到统计数值(p值)。通过分析数据结果即可简便快捷的筛选出您感兴趣的基因,便于以后的研究。
使用限制
以下条款适用于BioTNT QPCR Array产品。产品购买者需遵守最终用户限制许可条例。本产品仅限购买者内部研究使用,不得使用于人体或诊断、治疗。未经BioTNT 事先书面同意,本产品不得转售,不得重新包装或修改后转售,不得用于生产商用产品。
质量保证
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若经BioTNT证实产品未达到规格要求,BioTNT 将为您替换此产品。若无法替换,BioTNT将退款给购买者。此质量保证仅适用于最初产品购买者。
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