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BioTNT PCR Array实验操作(二)

2020.6.08

三、数据导出后进行分析;

3.1   数据分析

基本设置

1.  确定基线

基线是qPCR扩增前期的荧光本底信号,一般都由仪器自动设置。不同仪器类型,基线的设置也略有不同,往往在荧光信号指数扩增阶段的前几个循环处,一般将定量PCR的前15个循环信号作为荧光本底信号,如果实验数据中最低CT还小于基线的设置上限,研究人员则需要手动设置。其设置原则为:起始值设置为2或3,终止值的设置为整个反应板中扩增最强检测因子的CT值减去2或3所得的值即可,一般设置在2-10的范围内,不要超过15。

2.  设定阈值

荧光阈值的正确设置是进行数据分析的关键一步,荧光阈值的设置往往在荧光信号指数扩增的起始阶段。一般情况下,内参基因的表达水平往往高于大多数的检测基因。

3.  CT值的获得

所谓CT值就是在荧光PCR扩增过程中,当扩增产物的荧光信号达到设定的阈值(Threshold)时所经过的扩增循环次数(cycle),被称为CT值。

4.  多数的定量PCR仪是以Excel的形式导出CT值。

5.  选取合适的内参基因,用ΔΔCT数据分析方法对定量PCR结果进行相对定量分析。

6.  所有CT值大于35或显示N/A,均认为没有检测到该基因的表达。计算时按照CT值为35进行计算。

3.2 质量控制:

1. 通过定量PCR仪器分析软件检查每个检测基因的扩增曲线及融解曲线,每个内参基因、目的基因PCR的融解曲线均特异性的显示单峰。

2.  PTC(阳性对照)反应孔,从融解曲线上分析均呈单一锐锋,从扩增曲线上分析,CT值介于17~23之间。

3. RTC(spike-in反转录对照)反应孔,从融解曲线上分析均呈单一锐锋,从扩增曲线上分析,CT值介于17~23之间。

3. 检查GDC(基因组DNA污染)反应孔的CT值。如果GDC反应孔CT值大于35,表明样本中存

在的少量基因组DNA污染不会影响基因表达定量检测结果。

4. RTC和 PTC的三重复CT 值应比较接近,说明实验重复性好。

3.3数据分析

下载数据分析系统 (http://www.biotnt.com)进行数据分析。此数据分析系统采用ΔΔCt 法来实现 fold-change 分析或基因的表达量水平(CT值)统计学分析。

1.  在开始分析前请下载并阅读“Biotnt Array数据分析操作指南”。

2.  将CT值输入相应的数据分析模板(Sample  Data.xls和  Control  Data.xls),选择合适的参照和分析参数。

注意:被选作采用ΔΔCt  法对qPCR  Primer  Array标准化的参数必须不受实验设计影响。

因此需采用一个或多个已经过实验确证的参数。参数的单个CT值或平均值可用于标准化实验。

3.  完成指定分析。实验重复至少3次后会得到统计数值(p值)。通过分析数据结果即可简便快捷的筛选出您感兴趣的基因,便于以后的研究。

使用限制

以下条款适用于BioTNT QPCR Array产品。产品购买者需遵守最终用户限制许可条例。本产品仅限购买者内部研究使用,不得使用于人体或诊断、治疗。未经BioTNT 事先书面同意,本产品不得转售,不得重新包装或修改后转售,不得用于生产商用产品。

质量保证

BioTNT保证产品与产品数据表中描述的规格保持一致。

若经BioTNT证实产品未达到规格要求,BioTNT 将为您替换此产品。若无法替换,BioTNT将退款给购买者。此质量保证仅适用于最初产品购买者。

BioTNT仅负责替换产品或退还实际的购买金额。对于由使用或不正确使用产品产生的损害或使用其他相关材料和试剂产生的损耗,BioTNT不承担责任。BioTNT不提供任何形式的明示的或者默示的保证,包括对适销性、适用于特定用途的默示保证。


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