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IonPGM测序仪读长达到400bp
Life Technologies公司近日宣布，适用于Ion PGM™测序仪的400 bp测序试剂盒已上市。读长的改善使产量增加，也带来了更完整的细菌de novo组装。目前Ion 318™芯片上的400 bp运行的产量可达1-2 Gb。
德国明斯特大学的Dag Harmsen教授去年曾使用Ion PGM™ 测序仪来追踪致命的大肠杆菌。他认为：“Ion Torrent准确的400 bp长读取实现了出色的细菌de novo组装。不一定需要末端配对读取，才能获得最好的结果。”
据了解，测序读长的增加源自半导体芯片测序系统的改进，包括文库扩增、测序聚合酶以及测序反应条件。测序过程中使用了一种新的突变酶，它表现出高的准确性和持续测序能力。这一试剂盒适用于那些需要捕获长外显子中所有遗传变异的应用。例如，有些研究人员需要了解人类白细胞抗原(HLA)基因或16S核糖体基因的遗传数据，这时，长读取就很关键。
亚利桑那癌症中心的研究助理教授George Watts博士表示：“如果没有长的400 bp读取，根本不可能在Ion PGM上测序细菌16S rRNA基因的V1-V2区域。使用400 bp读取，让我们能够增加扩增子的信息密度，从而更好地确定复杂微生物群体的组分。”
Ion PGM测序仪在两年前上市，与它同时发售的是Ion 314™芯片，产量大约为10 Mb。两年来，Life Tech陆续发售了Ion 316™和Ion 318™芯片，产量提高了100倍以上。以下是三种芯片的性能参数。
| 芯片 | 预计的测序运行时间 | 预计的产量 | ||||
| 35 bp读取 | 200 bp读取 | 400 bp读取 | 35 bp读取 | 200 bp读取 | 400 bp读取 | |
| Ion 314™芯片 | 0.5小时 | 2.3小时 | 3.7小时 | 3 Mb | 20 Mb | 40 Mb |
| Ion 316™芯片 | 0.7小时 | 3.0小时 | 4.9小时 | 30 Mb | 200 Mb | 400 Mb |
| Ion 318™芯片 | 0.9小时 | 4.4小时 | 7.3小时 | 300 Mb | 500 Mb–1 Gb | 1-2 Gb |
同时，Ion PGM™和Ion Proton™测序仪的准确性也有所改善。新的Torrent Suite v3.4整合了原始读取准确性和一致变异检出的算法改进。这些改进让这两款测序平台能够实现>99.996%的一致准确性。
此外，Life Tech还推出另两款新产品。Ion Total RNA-Seq Kit for AB Library Builder™，它让cDNA文库制备变得简单、快速且灵活;Thermo Scientific® MuSeek™ Library Preparation Kit，它利用MuA转座酶来片段化DNA，同时加上标签，从而省去了剪切和连接接头的步骤，让文库制备可在90分钟内完成。
400-6699-117 转 9566
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