首先，是脂肪酸的组分和结构差异对其被消化吸收的影响。有研究者认为脂质来源及脂肪酸存在的形式的差异可能会影响吸收、分配和生物利用。以磷脂形式存在的DHA比以甘油三酯形式存在的更易被吸收。甘油三酯被胰脂肪酶水解成2-甘油一磷酸和游离脂肪酸，而磷脂被胰磷酸脂酶A2水解生成溶血磷脂和游离脂肪酸，离子化的脂肪酸和2-甘油-磷酸进入胆汁微团后和磷脂形成水溶性混合颗粒，有助于无极性的脂类穿过小肠绒毛表面的水屏障到达微绒毛膜被吸收。

脂肪酸在甘油三酯中的位置决定其是以2-甘油一磷酸酯还是以游离脂肪酸的形式被吸收。当DHA在甘油三酯Sn-2位置上，它们最容易被吸收。一般情况下，磷脂代谢重建酶可选择性地将不饱和脂肪酸置于甘油酯的Sn-2位置,而将饱和脂肪酸置于Sn-1位置。

其次，是脂肪酸所含的基团或包容物的互相作用对其被消化吸收的影响。摄食的磷脂所含的磷酸盐基团和氮基（主要是维生素B复合体），可能会在几个代谢途径中互相影响；脂肪酸的磷脂源（来自鸡蛋蛋黄和动物组织）含有大量的胆固醇，也会影响脂肪酸的消化吸收；此外，脂肪酸的消化率还与它的熔点有关，含不饱和脂肪酸越多，熔点越低，越容易消化。

总之，影响DHA消化吸收的因素很多，内外有之，而且不同物种和个体之影响因素可能会相异，其机理正在研究中。