抗原决定簇的数量和应用的介绍
数量
各种抗原的决定簇数目不同，如白喉类毒素有8个抗原决定簇，流感病毒有40多个抗原决定簇。抗原决定簇大多存在于抗原的表面，但也有隐藏在抗原内部的，如牛血清蛋白的抗原决定簇多于18个，但只有6个暴露在抗原表面，隐藏于抗原分子内部的抗原决定簇一般是无功能的。抗原分子在酶的作用下，使内部的抗原决定簇暴露出来，才能发挥抗原决定簇的作用。
应用
选择好的抗原决定簇，应符合以下三点：
1．亲水性：大部分抗原决定簇是亲水性的；
2．处于结构表面：大部分抗体只与蛋白质表面部分结合；
3．有弹性：许多已知的抗原决定簇是在自由活动区域。
所以一般来说蛋白质的N端及C端是很好的抗原决定簇区域。
抗原决定簇的预测
对每个氨基酸的表面可接触性(Surface Accessibility)、亲水性(Hydrophilicity)和弹性(flexibility)进行计算可以大体推算出抗原决定簇区域，抗原决定簇区域应综合以上三个特点。至2014年，市面上有几个专业测定软件可以满足需要：如MacVestor , Protean , GCG等。
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