1.肺炎衣原体感染在临床及X线检查上均无特异性表现，尤其β-内酰胺类治疗无效时应进行相关病原学或血清学检查。外周血白细胞多正常，血沉常增快。确诊有赖于病原和血清学检查以及PCR检测。

　　2.沙眼衣原体感染引起的结膜炎、肺炎及泌尿生殖系统感染的临床表现缺乏特异性，故需经病原学或血清学检查方可确诊。新生儿衣原体肺炎多发生在出生后4～11周，如合并包涵体结膜炎则高度提示为沙眼衣原体感染，应及时进行病原学检查并除外其他细菌、病毒或支原体等感染。

　　3.沙眼衣原体泌尿生殖系统感染是重要的性传播疾病之一，有性乱史者应考虑本病，需做相应的病原学及血清学检查，并于淋病奈瑟菌性尿道炎相鉴别，二者偶可并存发病。

　　4.性病淋巴肉芽肿需与单纯疱疹病毒、梅毒、软下疳及其他下肢、下腹部、臀部、外生殖器、肛门区炎症所致的腹股沟淋巴结肿大相鉴别，诊断与鉴别诊断有赖于流行病学史、临床表现及实验室病原学检测。

　　5.鹦鹉热患者有持续高热、相对缓脉、严重头痛和非特异性肺炎表现而白细胞计数正常，有鸟类密切接触史时，应初步怀疑鹦鹉热，确诊有赖于病原学及血清学检查。