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克隆在原核载体的DNA片段的快速鉴定

2019.9.12

           

实验方法原理 已转化的重组载体的细菌细胞或 λ 噬菌体颗粒可通过直接从培养皿上挑取菌落或噬菌斑获得,然后直接加入到 PCR 混合液中,这时 PCR 混合液中含有除了未加热稳定 DNA 聚合酶外的所有试剂,其中引物与所要鉴定的已克隆 DNA 片段的侧翼序列互补。
实验材料

热稳定 DNA 聚合酶 正义和反向引物 DNA 模板

试剂、试剂盒

扩增缓冲液 dNTP 贮存液 Tris-Cl

仪器、耗材

琼脂糖凝胶 屏蔽型枪头 沸水浴 离心管 正向排液式移液器 PCR 仪

实验步骤

一、材料

1. 缓冲液与溶液

10X 扩增缓冲液

4 种 dNTP 贮存液(20 mmol/L,pH 8.0)

Tris-Cl ( 10 mmol/L,pH 7.6)

2. 酶与缓冲液

热稳定 DNA 聚合酶

3. 凝胶

琼脂糖凝胶

4. 核苷酸与寡核苷酸

正义和反向引物(20 μmol/L) 溶于水中(20 pmol/μl)

DNA 模板

5. 特殊设备

自动微量移液器的屏蔽型枪头

沸水浴

离心管

正向排液式移液器

PCR 仪

二、方法

筛选单个克隆的细菌菌落或 λ 噬菌斑

1. 对所要筛选的细菌菌落或 λ 噬菌斑进行计数。制备适量的主混合液,每个所要分析的菌落或噬菌斑需要 25 μl 的主混合液,以此主混合液作为模板 DNA,再加入以下试剂,使总体积为 1 ml:

10X 扩增缓冲液                     100 μl

20 mmol/L 4 种 dNTP 混合液  50 μl

正向引物                               1 nmol

反向引物                               1 nmol

H2O 补足至                           1 ml

2. 从上述主混合液中取 25 μl 至一支扩增离心管(根据实验需要可设几个扩增管 )。

3. 用灭菌的 20 μl 枪头(不用牙签)挑取一个个的细菌菌落或 λ 噬菌斑,迅速地使挑取物溶在 25 μl 主混合液中。

4. 盖上离心管的盖子,细菌菌落在沸水上温育 10 min,λ 噬菌体在沸水中温育 2 min。

5. 在样品管主混合液于沸水上温育的同时,将 Tag 聚合酶用 10 mmol/L Tris ( pH 7.6)稀释至 1 单位/μl;再将这种稀释酶液在冰浴上保存备用。

6. 将步骤 4 的样品冷却至室温,离心数秒钟,然后每一管加入 1 μl 稀释的 Taq DNA 聚合酶。

7. 设置两支对照管。在一支对照管中加入除了模板 DNA 的所有上述试剂;在另一支对照管设置呈阳性对照管,即加入已分析证实呈阳性的重组 λ 噬菌斑或菌落裂解液作为模板 DNA。阳性对照管的扩增片段应较实验管的扩增片段更大些为佳。这种较大的阳性对照片段的成功扩增,说明这种稳定 DNA 聚合酶具有扩增多大长度片段的能力。

8. 如果 PCR 仪没有配备加热盖,在反应混合液的上层应加一滴矿物油(约 50 μl )。将反应管放置 PCR 仪上。典型的程序有变性、复性和聚合(延伸反应);相应的循环条件与温度列表如下:



9. 抽取每种扩增样品 5~10 μl,用琼脂凝胶电泳来分析扩增结果,用 DNA marker 来判断扩增片段的大小。凝胶一般用 EB ( 溴化乙锭) 或 SYBR 金颗粒染色后来观察扩增的量与片段大小。

这种技术能够适用于在 96 孔微量滴定板上设计 PCR 进行大量的细菌菌落或 M13 噬菌斑的筛选(Trower 1996)。




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