APSGN的长期预后尚有争论。有学者统计了2000年以前文献报道的随访5-18年的APSGN患者,发现存在任何一项检查异常者高达17.4%（174/998）,其中蛋白尿的发生率为13.8%（137/997）,高血压的发生率为13.8%（137/998）,肾功能不全的发生率较低,仅为1.3%（14/1032）。但不同的报道存在病例选择、随访时间以及失随访率的不同,因此只能作为粗略的估计。在2000年以后,White等回顾性分析了两次流行性APSGN的患儿,随访13年以上蛋白尿及镜下血尿的发生率分别为13%和21%,明显高于对照组无症状尿检异常者的4%和7%,因此儿童时期患APSGN是成人患慢性肾脏病的高危因素。随后另一项研究显示了较差的随访结果,随访5年后蛋白尿的发生率为8%,高血压及肾功能不全的发生率高达30%及8%。分析这组患者的特点,一是感染源不是A组β溶血性链球菌,而是兽疫链球菌；二是这组患者以成人为主,这两点可能导致了随访结果的差异。

　　APSGN的预后受临床及病理表现的影响。尽管严重的毛细血管内增生似乎与起病初肾功能不全程度相关,然而并不影响ESRD的发生率。免疫荧光为“花环型”可伴随严重的蛋白尿,提示预后差。大量研究表明,新月体性肾炎和“花环型”免疫荧光类型者预后较其他类型差。肾病综合征及肾功能不全亦提示预后不良。在Vogl等的研究中,98例成人APSGN,其中21.5%的患者有肾病范围蛋白尿,随访过程中16%出现CRF。相反地,Wong等的报道中,66%的儿童APSGN具有肾病综合征且8/27是新月体性肾炎,但在随访4-6年后,仅2例进展为ESRD,3/12出现持续性蛋白尿。因此,成人患者的预后较儿童患者差。

　　肾病范围蛋白尿及花环型免疫荧光者提示预后不良,但对于这些患者是否进行干预治疗仍有争论。有学者报道了一例女性患儿,临床表现为肾病综合征、急性肾功能不全,病理见细胞性新月体,免疫荧光呈花环型,经甲强龙冲击治疗及血浆置换后肾功能恢复正常。此外也不乏成人新月体性及肾病综合征APSGN,接受甲强龙冲击治疗的报道。因此目前认为,当存在预后不良的危险因素如肾病范围蛋白尿、细胞性新月体、肾功能不全等,应接受免疫抑制治疗以阻止病情的进展。但免疫抑制治疗对长期预后的影响尚有待进一步的随机对照的研究证实。

　　有研究指出,链球菌感染后新月体性肾炎的预后可能较其他新月体性肾炎好。50例伴新月体形成的患者中5例为APSGN且GFR正常,而42例其他原因新月体形成的患者中23例进展至ESRD。然而,也有学者质疑这个观点,他们认为链球菌感染后新月体性肾炎与其他新月体肾炎的预后同样很差。