研究人员将MIDAS运用于 98个母婴大便宏基因组，利用株系水平的遗传差异，来追踪母亲和婴儿之间的细菌差异。本文第一作者、加州大学旧金山分校的研究生Stephen Nayfach说：“株系水平的变异所揭示的模式，与从物种水平上所推测的模式相矛盾。”以往的研究表明，在生命的第一年，母亲和婴儿的微生物组变得更加相似。然而，通过检测“标记的等位基因”，或罕见的遗传差异，研究人员发现，早期定植的菌株是从母亲传递给婴儿的，但后期定植的菌株则是不同的，可能是从环境中获得的。Pollard说：“婴儿的肠道微生物组在第一年成熟，从而给我们的印象是来自于母亲的持续传播。但细菌中的遗传变异表明，所获得的菌株往往跟母亲的并不相同。”

　　研究人员还将MIDAS应用于在世界各地海洋的不同深度收集的海洋样品。最普遍的海洋细菌在基因含量上存在差异，这与地理紧密相关。还需要开展进一步的工作，弄清不同位置之间的遗传差异是否是适应性或物种内遗传漂移的结果。Pollard说：“下一个大的挑战是，揭开推动微生物组中种群结构的动力，并将这种变异性与宿主和环境特征联系起来。”