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云序环状RNA研究策略在环状RNA研究的应用(二)

2021.2.23

4.对年龄相关性白内障circRNA的分析显示,circZNF292可以通过海绵机制调节miR-23b-3p功能

发表期刊:Aging-us

影响因子:4.831
发表时间:2020.9.10
研究方法全转录组测序qRT-PCRRIPRNA pull down双荧光素酶实验等云序提供
文章链接Profiling of circular RNAs in age-related cataract reveals circZNF292 as an antioxidant by sponging miR-23b-3p
老年性白内障(ARC)是世界范围内造成视力损害和可逆性失明的主要原因之一。越来越多的证据表明circRNAs参与多种眼病的调控过程。然而,circRNA在ARC中的表达谱、调控作用和潜在机制仍不清楚。本文中作者对正常和弧形透镜的晶状体进行了全转录组测序,检测到23787个候选circRNA。其中,有466个circRNAs具有显著差异表达,并且在ARC和糖尿病白内障中,表达下调的circRNAs与表达上调的circRNAs相关性更高。随后的生物信息学分析发现,某些差异表达的circRNA参与了ARC中的氧化应激和凋亡相关信号通路。其中,ARC中circZNF292水平显著降低,而miR-23b-3p水平显著升高。靶区预测和双荧光素酶报告基因检测证实circZNF292作为一种竞争性内源性RNA,通过与miR-23b-3p竞争调节抗氧化基因的表达。本文的研究结果表明,ARC患者晶状体前囊中下调的circZNF292可能通过浸润miR-23b-3p参与抗氧化损伤和晶状体上皮细胞凋亡,为ARC的预防和治疗提供了潜在靶点。

图例:本研究的基本原理图



分类三|外泌体+环状RNA研究

5.血清外泌体circRNA的RNA-Seq分析显示Circ-PNN是人类结直肠癌的潜在生物标志物

发表期刊:Frontiers in Oncology

影响因子:4.85
发表时间:2020.6.18
研究方法全转录组测序qRT-PCR等云序提供
文章链接RNA-Seq Profiling of Serum Exosomal Circular RNAs Reveals Circ-PNN as a Potential Biomarker for Human Colorectal Cancer
环状RNA (circRNAs)正在成为非编码RNA领域的主要研究热点。越来越多的证据表明,外泌体circRNA可以作为检测各种癌症的潜在生物标志物。然而,大多数血清外泌体circRNA在结直肠癌(CRC)中的临床重要性却很少被研究。在本研究中,作者研究了血清外泌体circRNA在CRC诊断中的可能临床应用。首先,作者对CRC血清样本和健康对照血清样本进行了全转录组测序分析,鉴定出与CRC相关的环状RNA。测序数据显示,CRC患者中有122个差异表达的circRNA,其中100个表达上调,22个表达下调。然后,通过RT-qPCR筛选出8个表达异常的circRNA进行验证。验证分析显示,CRC患者血清外体circ-PNN (hsa_circ_0101802)水平较健康对照组显著上调。通过ROC分析发现circ-PNN在CRC诊断中具有显著价值。最后,作者构建了基于circ-PNN的网络图,以确定其潜在的miRNA-mRNAs结合。并证实了CRC患者中hsa-miR-6833-3P、hsa-let-7i-3p、hsa-miR-1301-3P的表达与circ-PNN呈负相关。综上所述,该项结果表明,血清外泌体circ-PNN可能是CRC检测的一种潜在的非侵入性生物标志物,可能在CRC的发病机制中发挥关键作用。

图例:人血清外泌体环状RNA表达谱分析


6.在多囊卵巢综合征中,卵泡液中缺失外泌体环状lr可降低miR-1294的功能并抑制通过CYP19A1产生雌二醇

发表期刊:Aging-us

影响因子:4.831
发表时间:2020.7.10
研究方法全转录组测序qRT-PCR双荧光素酶实验等云序提供
文章链接Depletion of exosomal circLDLR in follicle fluid derepresses miR-1294 function and inhibits estradiol production via CYP19A1 in polycystic ovary syndrome
多囊卵巢综合征(PCOS)是生殖女性常见的内分泌代谢紊乱病症,以多囊卵巢、高雄激素和慢性无排卵为特征。卵泡发育异常被认为是多囊卵巢综合征的共同特征。本研究中鉴定了从PCOS患者滤泡液(FF)中分离的外泌体中circRNA的表达谱,从而研究了作为滤泡微环境中重要介质的外泌体circRNA在PCOS病因学和病理生物学中的分子功能。通过全转录组测序,作者比较了PCOS患者和对照组FF外泌体的circRNA表达谱,发现有16个circRNA表达明显不同。GO和KEGG通路分析表明,它们的来源基因在PCOS相关通路中富集,包括卵巢甾体生成、醛固酮合成和分泌以及Jak-STAT信号通路。在16个差异表达的circRNA中,hsa_circ_0006877 (circLDLR)是由其来源基因LDLR(低密度脂蛋白受体)转录本加工而成,该转录本参与了卵巢的类固醇生成。通过qRT-PCR中进一步验证了PCOS FF外泌体的缺失。cytoscape软件预测了circLDLR-miR-1294-CYP19A1竞争性内源性RNA (ceRNA)网络,并通过荧光素酶检测进行证实。在机制上,KGN细胞中功能性circLDLR的细胞间转移和消退实验表明,在受体细胞中,减少外泌体中的circLDLR可以增加miR-1294的表达,抑制CYP19A1的表达,并降低雌激素(E2)的分泌。该发现揭示了circLDLR的ceRNA网络,并为多囊卵巢综合征中卵泡发育异常提供了新的信息。

图例:差异表达circRNA分析



 


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