使用开路分析仪进行通量测定时，由于其传感器被长期放置在野外，会造成仪器的故障或精度的下降。因此在涡度相关法中，也有采用闭路分析仪进行涡度相关测定的。闭路式分析仪是将空气抽入分析仪的内部进行测定，所以使用分散型的红外分析仪(NDIR)作为分析仪的本体，分析仪本体以外需要有气泵和取样管。尽管因管内脉动衰减等原因与开路方式相比其时间响应差些，但是因为其稳定性好，也被广泛应用于通量观测之中，市场上有各种各样的分析仪，但被用于涡度相关测定中具有代表性的机型为Li-Cor公司的LI-6262型及继其后推出的LI-7000型。

　　在LI-6262分析仪的内部有样品室和参比室，在样品室测定对象的空气以一定的速度流入，在参比室将利用药品(苏打石灰，过氯酸镁)去掉CO2和水汽的空气封入，或利用不含CO2和水汽的的N2，以一定的流量通气。从光源射出的红外线由高速回转的快门交互进入两个室，透过室的红外线分成两个方向，透过中心波长为2.6 μm和4.3μm波段的滤波器后，分别被检测器测出其辐射强度。由样品室与参比室透过辐射强度之比，分别算出CO2和水汽在其吸收波长的透过率，将透过率代入关系式(校正曲线)再经过室内的气压和温度校正就可以得到CO2和水汽密度。