关注公众号

关注公众号

手机扫码查看

手机查看

喜欢作者

打赏方式

微信支付微信支付
支付宝支付支付宝支付
×

骐骥联手Waters发布Qi MetA软件 为组学提供场景化分析利器

2018.9.09

  分析测试百科网讯 2018年9月9日,由北京骐骥生物技术有限公司和沃特世科技有限公司主办的Qi MetA软件全球发布会在北京举办。来自临床、科研和投资等多领域的50余人参加了此次活动。

83517_201809091918401.jpg

83517_201809091915021.jpg

活动现场

83517_201809091915201.jpg

主持人:北京骐骥生物技术有限公司 徐丽丽

83517_201809091916083.jpg

北京骐骥生物技术有限公司董事长 王文军

  北京骐骥生物技术有限公司董事长王文军在致辞中表示多年前在工作中遇到了很多问题,没有一款产品能够解决。在3年前骐骥生物与沃特世建立了良好的合作关系,在代谢组学方面拓展工作。今天终于发布了这款Qi MetA软件,Qi MetA软件能够提供一站式数据分析,一步法数据前处理方案,常用统计分析全覆盖,提供贴合场景的可视化方案。骐骥生物已经成立5年多了,这5年多,从科研服务走到临床服务,目前已建立两所医疗诊断所。未来骐骥生物还将在这方面做更多的拓展性工作,让软件增加更多的功能,更深入、更广泛的挖掘数据之间的价值,链接数据与业务之间的关系,让我们的数据真正的服务于人类的健康!

83517_201809091916391.jpg

沃特世科技有限公司临床市场部高级经理 谭晓杰

  沃特世科技有限公司临床市场部高级经理谭晓杰表示沃特世与骐骥已经是多年的老朋友了,不仅积累了友谊,也积累了大量合作和实战的经验。现在,健康中国2030是整个国家的主题,随着逐渐进入老龄化社会,糖尿病等慢性病人群已达到1.17亿,60岁以上人口达2.7亿,大病、慢病给家庭成员的健康带来了威胁和挑战。沃特世一直致力于色谱和质谱的研究,在软件方面也有投入,单一指标对于疾病的描述是远远不够的,在液质联用领域,一个样品能够生成几万个数据,解析几万个数据又变的很复杂。与骐骥生物的合作过程中,大数据的处理能力在这个新的软件上又进一步得到了提升,这个产品的特点在原有的基础上更加贴近本地化的场景,相信这个软件在未来不断迭代的过程中,一定会更精准的治疗,而且可视化程度更强,给出非常漂亮的答卷。

83517_201809091916084.jpg

远毅资本副总裁 宋依然

  远毅资本副总裁宋依然介绍到远毅资本是一家国际风险投资基金,专注于投资医疗健康和创新金融技术领域的早期和成长期企业。公司从去年年底开始接触到骐骥生物公司,到今年完成了投资,骐骥生物在技术方面做的十分扎实,在生物分析方面有着独到的见解和经验。希望通过这次合作,真正的帮助用户解决临床的问题,最终,服务于人类的健康!

83517_201809091916081.jpg

北京骐骥生物技术有限公司 陈显扬博士

  北京骐骥生物技术有限公司陈显扬博士对新产品——Qi MetA软件进行介绍。

  随着多层次的组学包括代谢组学的研究展开,高通量的数据收集已经可以实现,但是与其他的组学学科相似,代谢组学的数据分析仍是难题,尤其是数据到底意味着什么。因此数据的挖掘以及场景化分析,已经成为各领域学者和用户面对生物学研究,特别是代谢组学研究的最大瓶颈。

  具体的来看有以下几个问题:

  1)数据的合并,包括多维多层次数据的整合:高噪声,高变异,冗余性。以代谢组学为例,当峰值检出(peak picking)和峰值鉴定(peak identification)后,如何将这些数据有效的进行清洗,筛选,组合,并快速的进入场景化分析,成为了组学初学者的拦路虎。

  2)快速掌握数据特征:高维,分布不规则。生物学数据除了维度外,还带着意义,所以面对高通量的数据,如何下手,快速掌握整体数据的特征成为数据深度挖掘前的又一大问题。例如,筛选海量参数的离群值,均值,方差,每个设定组别的正态分布,方差齐性,p值,FDR,以及回归R2等等。

  3)特征向量筛选:小样本大数据,关系复杂,多变量分析。对于大数据的分析和挖掘,都属于“收口”式研究,不能只掌握了数据特征而得不到数据的结论。无论数据多么“大”,最终都要找出特征向量或者分子标志物。这个是核心的问题,涉及的内容也非常复杂,从简单的差异比较,到相关性网络分析,到模型的降维,参数重要性分析等等。

  4)场景化应用:标志物和模型优化。不同研究背景的人,拿到数据可能会得到不同的分析结果,这是由于大家应用场景的不同。如何将分析和挖掘后的数据结果,进行场景化的应用,这个形成了数据分析挖掘落地的最后一个问题。

  基因测序以及质谱分析作为能解释“这是什么”的两大工具已经深入到科学研究,特别是生物学研究的各个领域。沃特世公司(沃特世公司纽约证券交易所代码:WAT),专注于为实验室相关机构开发和生产先进的分析和材料科学技术。50多年来,公司开发出一系列分离科学、实验室信息管理、质谱分析和热分析技术。沃特世为高通量数据提供创造工具,同时也致力于推动数据分析和挖掘手段的不断更新和进步。

  骐骥公司的数据团队贴近质谱应用场景,研究质谱用户的使用逻辑,开发出了Qi MetA数据分析软件,不仅符合生物学分析人员的需求,也无缝对接沃特世的代谢组学工作,形成一站式分析平台。通过这次的合作,骐骥未来将携手沃特世服务全球更多的用户,并推动质谱数据分析更高效,更准确,更便捷。

  具体的说,Qi MetA软件解决了代谢组学中几大棘手的问题

  1)一站式数据合并。解决代谢组学数据的高噪声,高变异,冗余性。

  2)一键式的统计学分析,解决了复杂的统计学专业性问题。不仅针对代谢组学,同时可以应用于所有生物学分析,一键获得正态分布,方差齐性,T检验,秩和检验等等一系列统计学分析结果。

  3)完整的针对组学探索性分析,解决了数据高纬度,关系复杂问题。快速掌握各维度下,数据分布规则,相互关系,多变量间的相关网络以及重要性。

  4)针对特征变量的筛选以及场景化应用的模型。提供多种模型用于建设,并且具有多模型比较的交互式应用,解决代谢标志物应用的问题。

  Qi MetA是一个视窗化的数据处理和分析软件, 应用于代谢组学和临床数据的分析,但功能也可以扩展到生物学数据分析和可视化的多个方面。适合于一站式代谢组学分析、临床数据分析分析,以及单独的生物学项目分析。它独有的特点和功能主要包括:

  首先,可以直接应用沃特世公司Progenesis QI软件导出的数据,直接进行处理,获得可供分析的标准化数据;自动进行以QC为标准的数据筛选,包括0值筛选,CV筛选和LOESS回归。并自动提供QC的PCA以及样本+QC的PCA分布;

  其次,软件不仅可以获得单因素下两组数据差异分析所有统计学指标,更可以进行n组的比较,得到整组的p值以及组间的p值;

  第三,Qi MetA针对单变量进行回归分析,同时可以批量针对所有变量进行R2筛选;使用HMDB和Lipidmaps全库,对鉴定的化合物进行分类和比例变化分析;

  第四,软件提供单/多组(偏)最小二乘法判别分析(O)PLS-DA的快速切换;(O)PLS-DA 提供permutation结果以及cross-validation功能;通过Vip、p value、fold、fdr参数阈值设定,一步法获得潜在生物标志物;

  第五,在软件中,可以自动或者手动快速建立:逻辑回归(logical regression),决策树(decision tree),随机森林(random forest),Bagging,支持向量机(support vector machine)以及GBM(gradient boosting machine)模型;自动或者手动给出以上各种模型的ROC曲线以及模型评价参数;对潜在的生物标志物组合提供7种可选模型,并同时可以进行4种模型ROC和评价;

  第六,Qi MetA针对不同场景,不仅可处理代谢组学和脂质组学等组学数据,同时也可以处理临床数据和其他生物学数据;每次分析按照项目分类,历史记录查询以及断点工作继续非常方便;浏览、处理、浏览、处理 …… 透明化的流程使结果更加可信。

  Qi MetA软件的发布,是骐骥数据分析和利用工作的第一步,也是骐骥和沃特世共同探索和挖掘数据价值的开始。未来,骐骥会在Qi MetA的数据分析平台上,开发更多的场景化应用,形成医疗软件,更深入探究数据价值,提供更有效的数据解决方案,包括:

  第一,数据前处理的功能拓展,包括特征峰的准确鉴定(peak identification),个性化数据库的建立,数据的批量提取,数据的标准化等。

  第二,生物学功能的深入阐述。未来软件不仅给出数据分析的结果,还最大程度的将其生物学意义进行阐述,让用户更便捷的掌握数据后面的科学意义。

  第三,展开生物知识图谱的研究。提供目标代谢物或者目标分子的相关信息扩展功能,当用户通过一系列筛选得到目标化合物后,可以快速得到与该化合物相关的完整信息,有助于其下一步研究和应用的快速推进。

  更多关于Qi MetA软件介绍:http://www.qijibio.com/qi-meta/

  在这成熟的金秋,骐骥生物收获了丰硕的果实--Qi MetA软件。Qi MetA作为一款个性化的数据分析和挖掘软件,得到了沃特世公司的鼎力支持,以及同行,专家,学者的帮助,大家的认可和鼓励,也给我们继续向前的信心。通过这个数据平台,我们未来有信心提高代谢病分析水平,更有效地进行疾病的早期检测与临床诊断,最终成为精准医疗和智能诊断的开拓者和先驱者。

83517_201809091916085.jpg

问答环节

  中国中医科学院中药研究所徐江博士、沃特世科技有限公司生命科学研究市场部高级经理贾伟、沃特世科技有限公司临床市场部高级经理谭晓杰、清华大学第一附属医院主任医师李非、分析测试百科网总经理卞利萍和京东医疗云部门马睿泽等纷纷对软件的适用性、应用领域等与陈显扬博士和王文军董事长进行了探讨。

83517_201809091916082.jpg

合影

文章提到的厂商
推荐
热点排行
一周推荐
关闭