在多年培育的基础上，省部共建国家重点实验室培育基地的综合实力有了明显提升，为地方实验室做出了有效示范，部分优秀省部共建国家重点实验室培育基地进入国家重点实验室行列。山东省、陕西省、广东省、四川省的4个培育基地已经建设成为国家重点实验室，分别是“作物生物学国家重点实验室”、“大陆动力学国家重点实验室”、“眼科学国家重点实验室”、“地质灾害防治与地质环境保护国家重点实验室”。天津市的培育基地“天津市药代动力学与药效动力学重点实验室”已经建设成为企业国家重点实验室。
目前，正在运行的省部共建国家重点实验室培育基地共108个。科技部将在“十二五”期间继续布局建设省部共建国家重点实验室培育基地，并将进一步加强和完善在管理、评估和支持等方面的有关政策和措施。