在大便培养及药物敏感实验得出结果之前应及时改用抗生素，可使用针对性强的窄谱抗生素。

　　（1）红霉素 金黄色葡萄球菌为病原的可口服红霉素，静脉滴注，疗程为7～10天。

　　（2）万古霉素 万古霉素对难辨梭状芽胞杆菌有抗菌活性，在肠道内很少被吸收，能维持较高的药物浓度，很少有全身的毒副作用，对金黄色葡萄球菌也有作用，故被临床确认为治疗本病的首选药物。但有少部分病人症状缓解停药后有复发。

　　（3）甲硝唑 甲硝唑也常被用于本病的治疗，得到较满意的疗效。体外实验中甲硝唑对难辨梭状芽胞杆菌有很好的抑制作用，缺点是口服时药物易被吸收，肠道的浓度相对较低，使用时需要加大剂量。对不能口服的可经静脉给药，个别情况下甲硝唑也可以成为假膜性肠炎的诱因，但仍然不失为很好的治疗药物。

　　（4）磺胺脒和酞磺噻唑口服7～10天。

　　（5）杆菌肽也有用杆菌肽、洁霉素治疗的报道。杆菌肽是对细胞壁有活性的多肽，体外实验能抑制难辨梭状芽胞杆菌。与万古霉素相同，口服给药时从胃肠吸收少，粪便中可获得较大的浓度，全身的毒副作用少。