在湖泊水文观测方面，以纳木错站为依托，在纳木错湖沿岸设立了6个湖泊水位观测点，分别是纳木错站（N30°47.295′ E90°58.536′）、扎西岛（N30°47.295′ E90°58.536′）、神山（N30°47.295′ E90°58.536′）、多加寺（N30°46.751′ E90°17.852′）、思觉平巴（N30°47.295′ E90°58.536′）、纳木错东北岸（N30°47.295′ E90°58.536′）。从2005年6月开始，每月观测一次水尺读数。
另外，2009年7月，在大湖投放二个装有HOBO自记式水位计的浮漂，每30分钟记录一次数据，用于观测湖泊水位的变化。
在降水观测方面，纳木错流域约1万平方公里，下垫面类型多样，包括冰川、冰碛物、高寒草原和草甸、湿地等，形成了多样的局地小气候。流域内不同地区降水量具有较大差别。纳木错站自2006年7月至今开展了常规的人工降水观测，每天早晚八点各观测一次。围绕纳木错湖共设立6个降水观测点（含纳木错站），均架设RG3-M自记式雨量计，观测精度为0.2mm，用于夏季（5月-9月）液态降水观测。同时，还架设了自制的总雨量筒，监测一段时间内的总雨雪量，是冬季降水有效的观测工具。