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HRM甲基化位点检测的灵敏性(二)

2020.7.13

两个不同的病人的CpG位点见下表

图4:miR-195 CpG岛的150bp扩增区


 

图5:从4个CLL患者中克隆miR-195可能调控区,使用Qiagen EpiTect Kit进行重亚硫酸盐处理,之后PCR扩增,Lightscanner检测,测序。不同的患者采取不同的甲基化模式扩增(0-8 Cs)。熔解曲线是含有18 CpG位点的269bp的片段(A)和含有5 CpG位点的150bp的片段(B)。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图6:等量混合不同患者的进行不同甲基化模式的克隆,并扩增了含有5CpG的150bp的片段。使用甲基抑制剂处理前后进行甲基化和未甲基化控制的比较,熔解曲线分别为患者P3(A),P4(B),V1(C),V3(D)。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图7:甲基化的和非甲基化的DNA样品按不同的比例混合,150bp的片段含有5和CpG位点。

总结

用不同的DNA甲基化模式来评价LightScanner 高分辨熔解曲线的能力。用质粒控制含100%甲基化的和未甲基化的部分表现出一定的剂量关系,50%混合后与未甲基化的偏离程度最大。分析结果证明对小片段的甲基化检测的灵敏度在2%,大片段的灵敏度在10%。
在CLL分析中,经过甲基抑制剂处理后检测患者miR-195基因CpG岛的甲基化位点。不同克隆之间只要有意个被保留的C就可以在异源或同源混合的样品中区分开。结论证实了使用高分辨溶解曲线是检测甲基化位点简单且灵敏的方法。


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